Không chỉ có cơ cấu hành chính quy mô lớn, Đội quân vĩ đại còn bao gồm
một lực lượng hậu cần với nhiều bộ phận chuyên môn hóa. Trụ sở hoàng
gia bao gồm 3 bộ phận: bộ máy nhân sự của hoàng đế, các tướng chỉ huy
của Đội quân vĩ đại do Berthier lãnh đạo và tướng sĩ quan quân nhu. Những
tiến bộ kỹ thuật xuất hiện sau chiến dịch giai đoạn 1805-1807 phải kể đến 9
tiểu đoàn giao thông mới và một mạng lưới bưu điện chân rết. Những đổi
mới đó đã mang lại hiệu quả lớn cho công việc đào tạo quân sự. Trường Đại
học Bách khoa ra đời năm 1795 và đóng vai trò quan trọng trong đào tạo sĩ
quan pháo binh và kỹ sư. Trường Saint-Germain, một trong những trường
do Napoleon thành lập, có nhiệm vụ đào tạo kỵ binh. Và trường quân sự
đặc biệt mới thành lập tại Fontainebleau vào tháng 1/1803, sau chuyển
thành Trường Saint-Cyr năm 1808 được dành cho học viên trường sĩ quan.
Đến cuối giai đoạn đế chế, trường này đã đào tạo được khoảng 4 nghìn sĩ
quan.
Những tiêu chí lựa chọn sĩ quan cho Đội quân vĩ đại của Napoleon luôn là
đề tài tranh luận của các nhà lịch sử học. Chẳng hạn, trong việc bổ nhiệm và
thăng chức, ông đã áp dụng tiêu chí nhân tài và nguyên tắc “cơ hội mở ra
cho những người có năng lực” ở mức độ nào? Hay ông lựa chọn dựa trên
những mối quan hệ xã hội? Những câu hỏi này liên quan chặt chẽ đến quan
niệm về lãnh đạo, danh dự về nhân tài ở khía cạnh xã hội. Hệ thống bổ
nhiệm Napoleon thừa hưởng từ Cuộc cách mạng là sự kết hợp khá phức tạp
theo hai hướng: một là sự thăng tiến dành cho những tài năng sớm bộc lộ và
được nâng đỡ ở những thời điểm thích hợp. Sự nghiệp quân sự của
Napoleon là một minh chứng hùng hồn cho điều đó. Hai là sự thăng tiến
dựa vào thâm niên công tác. Chúng ta có thể bỏ qua nguyên tắc bầu chọn vì
thực chất nó đã biến mất trước sự kiện Brumaire và không có khả năng sẽ
quay trở lại sau đó.
Sự thật, Napoleon nhanh chóng tỏ rõ sự độc đoán trong việc bổ nhiệm các
quan chức sĩ quan cấp cao, đặc biệt các vị trí nguyên soái và chỉ huy. Năm
1805, ông cho phép đại tá chỉ huy có quyền đệ trình 2/3 ứng cử viên cho
