Giờ đây để đánh giá được cách thức tổ chức và huy động lực lượng của đế
chế trong những năm đầu tiên, chúng ta cần xem xét kỹ lối mòn trong các
chiến dịch của Napoleon. Đội quân vĩ đại trên trận chiến chỉ là một mũi
nhọn tấn công thuộc lực lượng quân đội, có quy mô lớn hơn và đội ngũ chỉ
huy tập trung cho kế hoạch chiến đấu và dịch vụ hậu cần. Bộ Quốc phòng là
bộ lớn nhất của Napoleon và bao gồm hai bộ phận là Bộ quốc phòng “hạt
nhân” và Bộ quốc phòng hành chính. Bộ quốc phòng hạt nhân chịu trách
nhiệm điều hành lực lượng chiến đấu, chủ yếu là việc tuyển quân, vận động
lực lượng, vận hành của bộ binh, việc bổ nhiệm, thăng chức và tiền lương.
Hai bộ trưởng là Berthir và Charke với nhiệm kỳ phục vụ dài đảm bảo tính
liên tục của bộ máy chỉ huy. Sự bổ nhiệm Davout trong giai đoạn Một trăm
ngày chỉ tồn tại trong một thời gian ngắn. Bộ quốc phòng hành chính có
nhiệm vụ tổ chức dịch vụ hậu cần cũng như mọi hoạt động giao thông và y
tế. Bộ quốc phòng hành chính tham gia vào bộ máy chỉ huy tối cao với Bộ
trưởng Dejean (1802-1809), Lacuée de Cessac (1809-1813), những người
có ảnh hưởng lớn đến việc hoạch định chính sách quân sự. Người giữ vị chí
bộ trưởng hành chính cuối cùng là Daru (1813-1815), là người từng giữ vị
trí chỉ huy Đội quân vĩ đại tại các vùng đất thuộc địa của “đế chế vĩ đại”.
Thêm vào đó, Napoleon cũng yêu cầu sự giúp đỡ từ các bộ phận quốc
phòng đặc biệt của Ủy ban Quốc gia khi thấy cần thiết. Vào giai đoạn cuối
của đế chế vĩ đại, hai bộ sáp nhập nguồn nhân lực với tổng số 1.500 người,
tăng gấp 3 lần so với trước thời điểm phân chia năm 1802.
Từ bộ não chỉ huy tập trung đó, cơ cấu tổ chức quân đội đã mở rộng tới tất
cả các khu vực hành chính của đế chế vĩ đại. Paris có một chỉ huy quân sự
từ rất sớm, năm 1804 và danh hiệu này do Marshal Murat đảm nhiệm. Đây
là tổ chức quân đội đầu tiên có quy mô lớn. Các bộ phận quân đội đặt dưới
quyền quản lý của các tướng chỉ huy khu vực và sự hỗ trợ từ các sĩ quan
quân đội. Mỗi đơn vị đóng quân tại một thành phố chính dù độ quan trọng
và quy mô từng nơi khác nhau. Số lượng đơn vị lên đến 32 vào giai đoạn
đỉnh cao của đế chế năm 1811, bao gồm cả các khu vực hành chính đã được
sáp nhập trực tiếp và vương quốc Italy có 6 đơn vị.
