dân nước ngoài ra khỏi các vùng đất của mình hoặc đóng cửa các cảng biển
đối với tàu nước ngoài hay ủng hộ kế hoạch hiếu chiến nhằm tạo ra một liên
bang độc lập mới gồm các vùng đất thuộc Italy của Napoleon. Tóm lại, ông
sẽ không bao giờ cho phép Rome sáp nhập với một liên bang nào.
Tuy nhiên, đó chỉ là một tuyên bố về quyền lực tinh thần của mình, Pius
không có sức mạnh thật sự để chống lại sự xâm chiếm của Napoleon trên
bán đảo. Cuối năm 1806, các cảng biển khác của Giáo hoàng đều bị quân
Pháp chiếm giữ và quân đội Pháp đã trục xuất dân bản địa ra khỏi Rome.
Thực tế Hồng y giáo chủ Maury cũng đã bỏ rơi Giáo hoàng. Do bị tòa giám
mục Montefiascone công kích, ông đã phải chấp nhận về phe ủng hộ hoàng
đế. Khi vua Habsburg là Francis II từ bỏ tước vị Hoàng đế La Mã thiêng
liêng của mình vào tháng 8, Napoleon, hoàng đế mới, thậm chí không còn
một đối thủ đáng gờm nào ở phía nam Alps. Các giám mục Pháp, đại diện
của Giáo hoàng Caprara và Spina (những người đã từng đại diện cho Giáo
hoàng trong các thương lượng về Giáo ước) giờ lại hối thúc Pius chấp nhận
vị trí của ông và tiến tới thỏa hiệp với Napoleon. Tuy nhiên, ông đã liên tục
từ chối ngay sau đó, và sự từ chối này chỉ có thể diễn tả bằng các ngôn ngữ
tinh thần: “Chúng ta nằm trong bàn tay của Chúa, người biết sự ngược đãi
của Đức vua đối với chúng ta không nằm trong các luật lệ trên thiên đường
nhằm mang lại sự hồi sinh của đức tin và đánh thức tôn giáo trong trái tim
của những con chiên cơ đốc giáo”. Kết quả của việc làm này là sự rạn nứt
ngày càng lớn trong quan hệ của Giáo hoàng với Napoleon. Trong suốt thời
gian xảy ra rạn nứt, vùng đất Caprara đã được thu về từ Paris năm 1808.
Pius VII vẫn còn lại một vũ khí có giá trị: quyền rút phép thông công của
Napoleon. Đó là một quyết định mà ông phải đắn đo suy nghĩ trong hơn hai
năm và những ảnh hưởng của Pius tới tín đồ công giáo châu Âu đã khiến
hoàng đế phải trì hoãn việc sáp nhập chính thức các vùng đất của Giáo
hoàng. Tuy nhiên, với việc sáp nhập ngày 17/5/1809, Pius đã không cần
phải kiềm chế và sắc lệnh rút phép thông công đối với Napoleon được ký và
công bố ngày 11/6. Napoleon, lúc đó đang tham dự vào chiến dịch Wagram,
