chế và kiểm soát vai trò của giới tăng lữ trong giáo dục tiểu và trung học tại
Italy cũng không kém phần khiêu khích.
Theo quan điểm của Giáo hoàng, những điều tệ hơn diễn ra không lâu sau
đó ngày càng vi phạm tới lãnh giáo. Pius không hề tỏ ra nhún mình trong
việc ủng hộ kế hoạch xâm chiếm Anh của Napoleon năm 1805 hay truy sát
các tàu Anh ra khỏi các cảng biển, nhất là cảng Ancona trên bờ Adriatic.
Trong chiến dịch chống lại người Áo năm đó, Napoleon đã ra lệnh chiếm
đoạt các cảng của Giáo hoàng nhằm chặn đứng sự phối hợp Áo - Anh tại bờ
Adriatic. Giáo hoàng rất tức giận và yêu cầu Ancona phải giữ được cảng.
Phản ứng này vấp phải sự đối đáp dữ dội hơn của Napoleon, người đang
hừng hực khí thế quyết chiến với người Áo, Nga tại Ulm và Austerlitz.
Trong bức thư gửi cho chú của mình là Cardinal Fesch lúc đó là đại sứ tại
Rome tháng 1/1806, ông viết: “Vì mục đích của Giáo hoàng, cháu là
Charlemagne... Cháu mong muốn Giáo hoàng điều chỉnh cách quản lý của
ông ta theo các yêu cầu của cháu. Nếu Giáo hoàng cư xử hợp lý, cháu sẽ
không thay đổi gì cả. Bằng không, cháu sẽ giáng cấp của ông ta thành giám
mục thành Rome”.
Trong trường hợp đó, Pius không thể ngăn chặn Napoleon không sáp nhập
cả Venetia vào vương quốc Italy và sau đó cử em trai của mình là Joseph
cai trị Naples, vương quốc mới thành lập vào tháng 3 sau đó. Nghịch lý
thay, Ancona đã trở thành một căn cứ hữu dụng cho việc cai trị này. Bây giờ
khi Napoleon đã quyết giữ nó, còn hy vọng nào cho Pius lấy lại các vùng
đất xa hơn? Để đánh dấu sự thất bại của Giáo hoàng, hoàng đế đã gọi Fesch
từ Rome trở về vào tháng 5/1806 và chỉ định người thay thế là một thường
dân, Charles Alquier, kẻ phạm tội giết vua theo quy ước quốc gia. Trong
tháng sau đó, Giáo hoàng đã miễn cưỡng chấp nhận đơn từ chức của
Consalvi sau khi người trợ lý giúp ông viết một lá thư quan trọng gửi tới
Napoleon. Trong lá thư này, ông giải thích rõ, vị trí là Giáo hoàng tối cao
của các tín đồ công giáo khắp nơi – vai trò khiến ông luôn phải có thái độ
trung lập với các quốc gia có mâu thuẫn − sẽ không cho phép ông đuổi công
