“Trường đại học đế chế được thành lập thông qua sắc lệnh ngày 17/3/1808.
Cấu trúc của trường đại học này là cấu trúc thứ bậc điển hình và ngay từ
đầu, trường đã nhận được trợ cấp hàng năm của nhà nước. Louis de
Fontanes, hiệu trưởng đầu tiên của trường, do đích thân Napoleon chọn và
trao quyền lãnh đạo. Từ những vị trí chỉ huy đó, quyền lực được chuyển
qua một hệ thống cấp bậc quan chức tại 27 trường ở các tỉnh, thậm chí tại
các trường địa phương đồng tham gia thành lập “trường đại học đế chế”.
Ý định ban đầu của Napoleon là tạo điều kiện bổ nhiệm các giáo viên phi
giáo hội và các nhà quản lý hành chính thông qua “trường đại học”, nhưng
không phải lúc nào ông cũng vừa lòng. Fontanes, bạn của Chateaubriand,
cũng là người cảm thông và ủng hộ phục hồi đạo Thiên Chúa, có uy tín
trong việc bổ nhiệm thông qua sự hợp tác từ những người dưới quyền. Do
vậy, “trường đại học đế chế” trở thành một chiến trường cải đạo. Tại đây, có
những người tiến bộ ủng hộ cho giáo dục nhân dân dựa trên các ngành khoa
học phi tôn giáo luôn xung đột với những người theo chủ nghĩa truyền
thống đã đấu tranh ngoan cường để bảo vệ tầm quan trọng của con người và
vị trí của nhà thờ. Sự thống nhất hệ thống phi tôn giáo theo ý tưởng ban đầu
đã bị xói mòn trong khi nhiều người làm việc trong hệ thống không trung
thành với Napoleon. Khi thời cơ đến, Fontanes dễ dàng điều chỉnh sự
nghiệp của mình theo con đường của phái phục hồi Bourbon.
Đối với các nhà bác học ở các tổ chức giáo dục cao hơn, trên thực tế, rất
nhiều người được hưởng quyền tự do tương đối khi thực hiện và trao đổi
các công trình nghiên cứu của mình. Năm 1793, bảo tàng cũ “Jardin du
Roi” chuyển thành bảo tàng lịch sử tự nhiên. Năm 1975, trường Đại học
Pháp thay thế cho trường Đại học Hoàng gia. Cũng trong năm đó, Học viện
Pháp cũ và một vài học viện hoàng gia khác, đã bị xóa bỏ cách đây hai năm,
giờ sáp nhập thành Viện Khoa học và Nghệ thuật Quốc gia. Napoleon luôn
khuyến khích, động viên các tổ chức này nhưng ông đã kỳ vọng quá nhiều
vào họ để củng cố thanh danh của mình. Các tổ chức này cũng từng phải
chịu những cơn giận giữ của ông. Tháng 1/1803, ông đã giải tán tổ chức
