Tuy nhiên, toàn bộ cuộc viễn chinh vẫn thu được những giá trị tích cực −
những giá trị văn hóa và khoa học mà những người tham gia vào cuộc viễn
chinh này phát hiện được khi tiếp xúc với một vùng đất xa lạ mà những ánh
huy hoàng của quá khứ vẫn còn được lưu giữ. Người ta cho rằng, “Học viện
Ai Cập” do Napoleon tìm thấy tại Cairo năm 1798 đã tạo cơ sở và nền tảng
cho khoa nghiên cứu về Ai Cập. Và chính tại vùng đất Ai Cập xa xôi này đã
nảy sinh tình thân ái giữa Napoleon với những cộng sự thân cận, trong đó
nổi bật là Berthollet và Monge có đóng góp không thể phủ nhận. Nhiều
người trong số họ là cận thần trung thành, luôn sát cánh cùng ông trong
những thời điểm quan trọng và được vinh dự nhận huân huy chương hoàng
gia. Người ta có thể nhìn vào kết cục sự nghiệp của các thành viên tham gia
cuộc viễn chinh để hiểu mối ràng buộc và lòng trung thành được tôi luyện
trong những năm tháng này. Đối với Kléber, kẻ chống đối, dĩ nhiên tất cả
kết thúc trong bi thảm. Đối với Desaix, một vị tướng có tài năng xuất chúng
cũng vậy, sự nghiệp kết thúc vì hành động sai lầm tại Marengo tháng
6/1800. Tương lai của Reynier, người lên tiếng chỉ trích cuộc viễn chinh,
sau khi trở về nước Pháp năm 1801 khá thăng trầm do đã đánh mất lòng tin
của Napoleon. Còn đối với Menou trung thành, dù tài năng quân sự kém cỏi
nhưng vẫn luôn nhận được sự ưu ái và các danh tước chính trị đang mở ra
phía trước. Nhiều người khác, phần lớn là thường dân Ai Cập, đều nhận
được các tước vị trong học viện, cùng với tước vị hoàng gia và các phần
thưởng khác. Chiến dịch Ai Cập đã mang lại những thành viên có học vị
cho Brumaire, mặc dù sau đó một số người đã phản đối chính sách tầm
thường của vị hoàng đế khát chiến tranh này.
Tuy vậy, Ai Cập là một dấu ấn quan trọng trong đời sống riêng tư của
Napoleon. Chính thời gian vắng mặt tại Pháp, ông có được những bằng
chứng thuyết phục về sự không chung thủy của Josephine. Sau khi kỳ vọng
quá nhiều, chính ông lại là người bị lừa dối nhiều hơn và người ta không
loại trừ khả năng trong cuộc viễn chinh đến Ai Cập, ông đã có quan hệ tình
cảm với Pauline Fourès – vợ một đại úy binh đoàn kỵ binh binh đoàn mà cô
đã giả trai để gia nhập. Những bằng chứng gây thất vọng về Josephine đã
