phạm, tuy nhiên cũng không thể xoa dịu sự tức giận của hàng triệu tín đồ
Thiên Chúa giáo. Chế độ Thermidorian đã thừa nhận sự bất lực trong việc
thiết lập một nhà thờ có đặc ân theo hiến pháp bằng việc tuyên bố quyền “tự
do tôn giáo” và đồng thời cắt giảm nguồn trợ cấp của nhà nước cho nhà thờ
vào ngày 21/2/1795. Trong khi duy trì một quan điểm trung lập, Hội đồng
Đốc chính chưa bao giờ khẳng định các nguyên tắc cơ bản về một chế độ
cộng hòa phi tôn giáo trong các biện pháp đàn áp mới chống lại những
người không thuộc Ban Hội thẩm năm 1798.
Bất chấp sự chông gai này, nhà thờ không chịu khuất phục và vẫn tồn tại ở
khía cạnh tinh thần trong những năm tháng tồn tại Hội đồng Đốc chính và
theo một cách nào đó, có sức mạnh thực tế hơn số nhà thờ của những thể
chế ít ỏi còn lại. Hàng nghìn tăng lữ đã bỏ mạng trong tay các nhà cách
mạng và số đông hơn bị trục xuất. Trong khi đó, các nhà thờ thường xuyên
bị lục soát để tìm ra kim loại quý và các nguyên liệu có ích khác. Tuy
nhiên, vẫn có một số lớn linh mục không thuộc Ban Hội thẩm đã bằng cách
này hay cách khác sống sót được qua những biến cố đó mà không gặp phải
một bất hạnh nào. Họ tìm được lương thực và nơi trú ẩn an toàn ở các vùng
nông thôn và tiếp tục phụng sự tôn giáo. Do được khuyến khích, phản ứng
của những người không theo đạo Thiên Chúa trở nên mạnh mẽ và tàn nhẫn
hơn. Olwen Hufton, trong một nghiên cứu có giá trị về vấn đề nảy sinh
trong các năm 1796-1801, thời kỳ u tối nhất, đã chỉ ra rằng không chỉ là sự
phục hồi về tôn giáo mà thực tế là cả sự phát triển của giới tăng lữ ở những
vùng mà Thiên Chúa giáo đã bám sâu vào gốc rễ. Sự phục hồi này “không
chính thức” và rõ ràng phụ nữ Pháp quan tâm tới nó hơn đàn ông. Nó chủ
yếu phục vụ lợi ích của giới tăng lữ không chịu khuất phục. Theo Hufton,
tất cả những điều này “là câu chuyện về sự tồn tại của tôn giáo và về cách
thức nhà thờ đã được tái thiết trong một thời gian dài trước khi có Giáo ước.
Giáo ước đã phục hồi và đặt một hệ thống cấp bậc trên nền tảng pháp luật,
hòa giải với Rome và cho phép mọi người tuyên thệ hạnh phúc tinh thần
trước người có chức sắc”.