Angkar đã xếp cha ông vào thành phần có « khuynh hướng chính trị cũ ủng
hộ chế độ quân chủ, tư sản và lối sống giàu có ». Ông đã quyết định rời bỏ
Khơme Đỏ khi hơn 10 người chú bác và cháu trai đã bị Khơme Đỏ giết.
Kế hoạch dựng lên một mạng lưới bí mật được tiến hành nhanh khi Hun
Sen được cho vào một bệnh viện tiền phương, nơi có nhiều thời gian hơn
để mưu tính các bước hoạt động của mình. Nhưng mạng lưới ấy đã bị sụp
đổ khi trong số các thành viên thì 8 người đã bị bắt.
Ông kể « Sau đó chúng tôi quyết định chọn một đường lối khác. Chúng tôi
không còn hoạt động bí mật nữa ».
Hun Sen thường làm những gì ông được yêu cầu. Thời kỳ ở trong hàng ngũ
Khơme Đỏ , ông đã trải qua quá trình huấn luyện quân sự và tấn công các
lực lượng của Lon Nol. Nhưng khi ông được cán bộ chỉ huy cấp trên yêu
cầu tiến hành một cuộc tấn công tàn bạo vào cộng đồng người Hồi giáo
Campuchia , ông đã từ chối. Sự kiện bất ngờ ấy xảy ra vào ngày lễ Phchum
Bun, một ngày tang tóc của năm 1975. Hun Sen trước đấy đã bị ốm và
được phép nhập viện. Khi ấy, ông đang làm trưởng ban tham mưu trung
đoàn. Một vài ngày sau, ông ra viện và bị thuyên chuyển sang tiểu đoàn bộ
binh gồm khoảng 600 quân, rồi tiểu đoàn pháo binh khoảng 100 quân.
Vào một ngày cuối năm 1976, ông nhận được lệnh chuẩn bị lực lượng sẵn
sàng vào lúc 2 giờ sáng. Hun Sen đoàn là mình sẽ được chỉ thị tấn công
Việt Nam vì quân của ông đang đóng quân không xa biên giới với Việt
Nam . Vào lúc 11 giờ ông được cho biết sẽ có lệnh đi tiêu diệt một cuộc nổi
dậy của cộng đồng Hồi giáo ở Kroch Chhmar. Pol Pot lo ngại rằng những
người theo đạo Hồi sẽ kiên quyết và đoàn kết thành một cộng đồng ; và ông
ta biết họ phản đối các chính sách cực đoàn của ông ta vì đã gây ra cảnh
chết đói, bệnh tật và chết chóc tràn lan.
Ông kể « Tôi không còn tinh thần, và thất vọng về chuyện dùng một lực
lượng hùng hậu như thế của tôi để chống lại một cộng đồng Hồi giáo nhỏ
bé không được trang bị vũ khí. Tôi từ chối mệnh lệnh đó bằng cách viện cớ
là mình phải trở lại bệnh viện vào ngày hôm sau. Tôi khuyên phụ tá của
mình là lực lượng của ta không thể hành quân vì hơn 70% quân số đang bị
sốt rét. Tôi quay lại bệnh viện và các lực lượng của tôi không bị đưa đi tấn