Campuchia và Việt Nam − ba bộ phận của bán đảo Đông Dương được Hội
nghị Geneva thành lập] sẽ rơi vào tay Cộng sản. Hết lần này đến lần khác,
Diệm khước từ đề nghị bầu cử do phía Việt minh đưa ra, chính quyền của
Diệm ngày càng được củng cố vững chắc bằng tiền và vũ trang của Mỹ.
Một đánh giá trong Báo cáo của Lầu Năm Góc viết: “Miền Nam Việt Nam
về cơ bản là thành quả sáng tạo của Hoa Kỳ.”
Chính quyền Diệm ngày càng mất uy tín. Diệm theo Đạo Thiên chúa trong
khi hầu hết người dân Việt Nam theo Đạo Phật; Diệm thân thiết với địa chủ
trong khi đây lại là đất nước của tầng lớp nông dân. Chính sách cải cách
ruộng đất của Diệm đã làm thay đổi cơ bản mọi nguyên tắc vốn có. Diệm
thay thế những người đứng đầu các tỉnh bằng tay sai thân tín của mình và
bổ nhiệm họ tại Sài Gòn; tính đến năm 1962, 88% các tỉnh trưởng là quân
nhân. Diệm còn bắt giam bất cứ ai dám công khai chỉ trích chế độ và không
tuân theo cải cách.
Sự phản kháng bùng phát mạnh mẽ tại các vùng nông thôn miền Nam Việt
Nam, những nơi mà bộ máy chính quyền của Diệm không thể với tới. Năm
1958, những hoạt động du kích chống phá chính quyền Ngô Đình Diệm liên
tiếp nổ ra. Chế độ Cộng sản Hà Nội đã viện trợ, tuyên truyền khích lệ và
đưa cán bộ vào Nam – hầu hết trong số họ là người miền Nam đã ra Bắc
học tập sau Hiệp định Geneva – để hỗ trợ cho chiến tranh du kích. Năm
1960, Mặt trận Dân tộc Giải phóng (National Liberation Front − NLF) được
thành lập ở miền Nam. Tổ chức này đã thống nhất các bộ phận đấu tranh
chống chính quyền với nền tảng sức mạnh là người nông dân miền Nam
Việt Nam, những người coi cách mạng là con đường duy nhất thay đổi vận
mệnh của họ. Dựa trên một loạt tài liệu thu thập được kết hợp với nhiều
buổi phỏng vấn nạn nhân trong các cuộc bắt bớ, Douglas Pike, chuyên viên
phân tích của chính phủ Hoa Kỳ, trong tác phẩm mang tựa đề Viet Cong
(Việt Cộng), đã đánh giá chân thực và khách quan về những khó khăn mà
nước Mỹ phải đối mặt:
