Lầu Năm Góc, gần như ngay lập tức, ông ta đã phê duyệt triển khai các
chiến dịch quân sự đặc biệt đa dạng tại Việt Nam và Lào, trong đó bao gồm
“phái điệp viên thâm nhập miền Bắc Việt Nam” để “phá hoại và quấy rối”.
Trở lại năm 1956, Kennedy từng phát biểu về “sự thành công đáng kinh
ngạc của Tổng thống Diệm” và gọi thể chế Việt Nam Cộng hòa của Diệm là
“Sự giải phóng chính trị đầy cảm hứng cho quốc gia này.”
Tháng 6 năm 1963, tại quảng trường công cộng Sài Gòn, một nhà sư Phật
giáo đã tự thiêu để phản đối chiến tranh. Sau đó, ngày càng nhiều tăng ni tự
thiêu để tỏ rõ sự phản kháng đối với chính quyền Ngô Đình Diệm. Diệm ra
lệnh cho cảnh sát lùng sục các tụ điểm sinh hoạt tôn giáo, làm bị thương 30
nhà sư, bắt giữ 1.400 người và đóng cửa rất nhiều chùa chiền. Các cuộc
biểu tình quy mô lớn vẫn liên tiếp diễn ra trong thành phố. Cảnh sát đã bắn
vào đoàn người biểu tình và làm 9 người thiệt mạng. Tại cố đô Huế, 10
nghìn người đã xuống đường biểu tình phản đối chiến tranh.
Theo Hiệp định Geneva, Hoa Kỳ được phép lưu lại 685 cố vấn quân sự tại
miền Nam Việt Nam. Nhưng trên thực tế, số lượng cố vấn mà Eisenhover bí
mật phái sang Việt Nam có thể lên tới vài nghìn người. Dưới thời Kennedy,
con số này tăng lên 16 nghìn, một số đã trực tiếp tham gia chiến đấu. Tuy
nhiên, Diệm đã hoàn toàn thất bại trong việc giành quyền kiểm soát vùng
nông thôn miền Nam Việt Nam từ tay Mặt trận Dân tộc Giải phóng.
Diệm trở thành một rào cản đối với nỗ lực kiểm soát toàn bộ Việt Nam. Một
số tướng lĩnh Việt Nam Cộng hòa có âm mưu lật đổ chế độ của Diệm. Họ
tìm cách móc nối với một thành viên CIA tên là Lucien Conein. Conein đã
có cuộc gặp bí mật với đại sứ Mỹ Henry-Cabot Lodge, người rất hăng hái
với những phi vụ táo bạo kiểu ấy. Báo cáo của Lầu Năm Góc cho biết, ngày
25 tháng 10, Lodge đã thông báo với trợ lý của Kennedy là McGeorge
Bundy: “Cá nhân tôi hoàn toàn tán thành cuộc gặp giữa Tướng Trần Văn
Đôn và Conein, một người luôn thực thi chính xác và dứt khoát các mệnh
