Các chủ trương của Liên đoàn đề ra đều được tù nhân hưởng ứng và tự
giác thi hành. Đối với các trường hợp vi phạm, Liên đoàn có thể thi hành
kỷ luật nội bộ khi cần thiết. Có nhiều mức kỷ luật, từ khiển trách, phê bình,
cảnh cáo cho đến khai trừ ra khỏi Liên đoàn. Thời hạn khai trừ có thể dài,
ngắn tùy theo mức độ khuyết điểm. Cá biệt, có thể khai trừ vĩnh viễn.
Án kỷ luật khai trừ do Hội đồng kỷ luật Liên đoàn quyết định, sau đó
giao cho Ban trật tự từng khu thi hành án. Người thụ án khai trừ phải nằm
riêng một chỗ (thường là góc khám gần cầu tiêu), ăn riêng một mẻ dùa,
không được quan hệ, giao dịch với ai, chỉ còn quyền làm việc, chữa bệnh
và tự học. Trong thời gian thụ án, nếu có nhu cầu gì chỉ được báo cáo với
Ban trát tự để xem xét, giải quyết.
Kỷ luật của Liên đoàn vừa dân chủ, vừa nghiêm minh. Xét xử các vụ kỷ
luật bao giờ cũng công khai trong tập thể tù nhân, không bao che, ô dù hoặc
nương nhẹ kỷ luật đối với những người có thành tích hay có chức vụ. Có ủy
viên Ban chấp hành cấp Liên đoàn cũng bị kỷ luật khai trừ khi vi phạm.
Nhiều người coi thường đòn roi, xiềng xích, xà lim, hình phạt của nhà tù lại
rất sợ kỷ luật của Liên đoàn. Ở tù mà còn bị tách rời tập thể, ăn một mình,
nằm một chỗ, lủi thủi câm lặng suốt ngày, không được thân thiện, trò
chuyện với ai thì khổ tâm chẳng khác nào như bị tù thêm một lần nữa.
Có lần, một người tù tư pháp có hành động xấu với gia đình công chức
mà anh ta làm bồi bếp. Vốn có quan hệ tốt với tù kháng chiến, vị công chức
này phản ánh với Liên đoàn tù nhân, có ý để cho tập thể giáo dục mà không
báo cho Giám đốc xử phạt. Không ngờ, kỷ luật của Liên đoàn lại rất
nghiêm. Hội đồng kỷ luật cứ người thẩm tra rồi xét xử công khai, thi hành
mức kỷ luật khai trừ khỏi Liên đoàn.
Vụ này làm Xôn xao dư luận trong công chức, gác ngục Việt Nam. Từ
đó, thấy tù nhân nào có thái độ xấu với vợ con gác ngục, họ thường dọa
“kiện tới Liên đoàn”, thay vì trước đây hù dọa bằng chủ sở Rờsẹc Nôvắc
hoặc báo Giám đốc xử phạt. Chuyện đến tai chúa đảo, La phốt quở trách và
răn đe: “ở đây tao làm Giám đốc chứ không phải Liên đoàn tù nhân làm
Giám đốc”.
