quận công Lê Khắc Thận giữ chức Nam quân đô đốc phủ Chưởng phủ sự (năm Kỷ
Dậu - 1549), Lâm quận công (chưa rõ họ tên) giữ chức Bắc quân đô đốc phủ tả đô đốc Thự
phủ sự (năm Kỷ Tỵ - 1569), Hoàng quận công (không rõ họ tên) giữ chức Tây quân đô đốc
phủ tả đô đốc (năm Giáp Thân - 1584) và Hoàng quận công (không rõ họ tên) giữ chức Nam
quân đô đốc phủ tả đô đốc (năm Bính Tuất - 1586).
Về tổ chức quân sự ở các địa phương: các đơn vị hành chính thời Mạc gần như được
giữ như thời Lê (Lê Thánh Tông), gồm đạo, phủ, huyện, tổng và xã. Trên thực tế, triều Mạc
chỉ quản lý được khu vực lãnh thổ từ Thanh Hoá trở ra Bắc, còn vùng Nghệ An, Thuận Hoá
và Quảng Nam nhanh chóng bị quân nhà Lê chiếm giữ. Mặt khác, vùng miền núi Tây Bắc
như Hưng Hoá, Tuyên Quang, Ninh Sóc cũng hầu như do các thế lực địa phương (Đặng Định,
Vũ Văn Mật) cai quản. Như vậy, thực tế chính quyền nhà Mạc chỉ quản lý các đạo Kinh Bắc,
Sơn Tây, Hải Dương, Sơn Nam, Lạng Sơn, Thanh Hoa và Đông Kinh.
Năm Mậu Tý (1528), khi hoàn thiện tổ chức bộ máy chính quyền, Mạc Đăng Dung đã
“đặt bốn vệ Hưng Quốc, Chiêu Vũ, Cẩm Y, Kim Ngô, năm phủ, các vệ sở trong ngoài, các ty
sở thuộc, hiệu ty, tên quan và số lại viên, số người, số lính của nha môn, phỏng theo quan chế
triều trước, y lệ mà biên chế bổ sung”
49
. Cũng từ lôgích trên, có thể đi đến kết luận rằng Mạc
Đăng Dung và các vua triều Mạc duy trì mô hình quân sự địa phương của Lê Thánh Tông.
Nếu vậy, ở các đạo, triều Mạc thiết đặt Đô ty trong bộ máy chính quyền địa phương để đảm
trách các vấn đề quân sự địa phương. Giả thuyết này đặt trong bối cảnh chiến sự liên miên
suốt thời gian tồn tại của nhà Mạc và mối đe dọa thường trực năm này qua năm khác bởi các
cuộc tiến công của quân Lê - Trịnh càng khẳng định thêm sự cần thiết phải củng cố tổ chức và
lực lượng, cũng như vai trò quan trọng của quân sự địa phương.
Cũng theo mô hình bộ máy chính quyền thời Lê Thánh Tông, từ sau Hiệu định quan
chế năm Tân Mão (1471), ở mỗi đạo - thừa tuyên có 3 ty do Thừa chính sứ đứng đầu, gồm Đô
tổng binh sứ ty (Đô ty) phụ trách quân đội và các vấn đề quân sự, Thừa chính sứ ty (Thừa ty)
phụ trách hành chính dân sự, và Thanh hình hiến sát sứ ty (Hiến ty) phụ trách việc thanh tra,
giám sát và hình ngục trong phạm vi đạo - thừa tuyên đó
50
. Từ thời Lê Thánh Tông đã có tổ
chức hoàn bị 13 đô ty nắm giữ quân đội địa phương ở 13 thừa tuyên. Đến thời Mạc, không rõ
nhà Mạc tổ chức được bao nhiêu Đô ty. Nhưng chắc hẳn có các Đô ty Kinh Bắc, Đô ty Sơn
Tây, Đô ty Hải Dương, Đô ty Sơn Nam, Đô ty Lạng Sơn. (Còn sự tồn tại của Đô ty Thanh
Hoa (khi đạo Thanh Hoa bị chia tách thành hai đơn vị hành chính và trở thành chiến địa trong
mấy chục năm), Đô ty Ninh Sóc (Thái Nguyên), Đô ty Hưng Hoá và Đô ty Tuyên Quang vẫn
còn chưa xác định được).
Trong các hoạt động quân sự của triều Mạc, bên cạnh bốn vệ quân, năm phủ quân, một
lực lượng thường xuyên được nhắc đến là quân bốn trấn. Những nghiên cứu liên quan cho biết
bốn trấn này tức là bốn đơn vị hành chính đương thời bao quanh Kinh đô Thăng Long - Đông
Kinh, gồm: Kinh Bắc, Sơn Tây, Sơn Nam và Hải Dương. Tuy nhiên, về tổ chức, quy mô và
tính chất của "quân bốn trấn" này vẫn còn là một vấn đề nan giải trong tình hình nghiên cứu
