từ lâu chán ghét họ Trịnh nhưng chưa dám chống lại vì chưa đủ sức mà thôi, do vậy Nguyễn
Huệ quyết định "diệt Trịnh, Phù Lê".
Theo đó, Nguyễn Huệ cử Nguyễn Lữ ở lại giữ Thuận Hoá, đồng thời sai cận thần
mang tấu về Quy Nhơn trình vua Thái Đức, rồi đốc thúc quân sĩ thần tốc tiến ra Bắc Hà. Bằng
hai đạo quân, một do Nguyễn Hữu Chỉnh chỉ huy (tiến theo đường biển), một do Nguyễn Huệ
chỉ huy (theo đường thủy và đường bộ), đến trung tuần tháng 7 năm Bính Ngọ (1786), quân
Tây Sơn đã quét sạch quân Trịnh, làm chủ vùng đất Sơn Nam rồi phát triển tiến công đánh
thẳng ra phố Hiến và thành Thăng Long. Bị đánh đòn bất ngờ và áp đảo, Trịnh Khả dẫn theo
đám cận thần chạy trốn lên Sơn Tây, nhưng đang trên đường đi đã bị dân địa phương bắt nộp
cho quân Tây Sơn. Đến ngày 21 tháng 7, Nguyễn Huệ đã kéo đại quân vào thành Thăng Long.
Như vậy, chỉ sau thời gian khoảng một tháng, Nguyễn Huệ đã chỉ huy quân Tây Sơn
đánh bại hoàn toàn quân chúa Trịnh, lật nhào bộ máy cai trị hơn 200 năm của họ Trịnh, làm
chủ Bắc Hà. Ngay sau đó, Nguyễn Huệ trao lại toàn bộ quyền điều hành Bắc Hà cho vua Lê.
Vua Lê phong tước Uy Quốc công và gả công chúa Ngọc Hạn cho Nguyễn Huệ.
Đến đầu tháng 9 năm Bính Ngọ (1786), Nguyễn Nhạc thân chinh ra Thăng Long thị
sát tình hình. Khoảng 10 ngày sau, anh em Tây Sơn quyết định rút quân về Quy Nhơn.
Biết Nguyễn Hữu Chỉnh là kẻ xảo quyệt, phản trắc, Nguyễn Huệ rút quân bí mật, để Nguyễn
Hữu Chỉnh ở lại Bắc Hà. Khi phát hiện ra điều này, Nguyễn Hữu Chỉnh vội đáp thuyền đuổi
theo và gặp được Nguyễn Huệ ở đất Nghệ An. Tức thì, Nguyễn Huệ cho Nguyễn Hữu Chỉnh
ở lại giúp sức trấn thủ Nghệ An là Nguyễn Văn Duệ; đồng thời cử Vũ Văn Nhậm bí mật giám
sát chặt mọi hành vi của Nguyễn Hữu Chỉnh.
Với đầu óc hẹp hòi, sau khi từ Thăng Long về Quy Nhơn, Nguyễn Nhạc tự xưng là
Trung ương Hoàng đế đóng đô ở Quy Nhơn; đồng thời xuống chiếu phong cho Nguyễn Huệ
làm Bắc Bình vương, cai quản địa bàn từ đèo Hải Vân đến Nghệ An; phong cho Nguyễn Lữ
làm Đông Định vương, cai quản đất Gia Định. Việc làm này đã đẩy Nguyễn Nhạc và Nguyễn
Huệ đến chỗ xung khắc với nhau kịch liệt - thậm chí đã mang binh đao ra quyết chiến suốt
nhiều tháng trời. Tuy sau đó quan hệ đã được giải quyết ổn thoả bằng việc phân định lại đất
Quảng Nam với Bến Ván là giới tuyến, nhưng kể từ đây lực lượng Tây Sơn đã bị tổn thương,
tính thống nhất đã bị phá vỡ - tình trạng cát cứ tái hiện.
Lợi dụng sự bất hòa từ nội bộ Tây Sơn và sự bạc nhược, ươn hèn của vua Lê Chiêu
Thống ở Bắc Hà, phe cánh họ Trịnh nổi dậy thanh toán lẫn nhau để tranh giành quyền lực.
Nhầm bảo vệ ngôi báu của mình, Lê Chiêu Thống sai cận thần mang thư vào Nghệ An vời gọi
Nguyễn Hữu Chỉnh ra giúp.
Thấy cơ hội để thực hiện mưu đồ từng ấp ủ bao năm đã đến, Nguyễn Hữu Chỉnh bí
mật sắp đặt tay chân ở lại "phụng sự” Nguyễn Văn Duệ rồi tức tốc mang quân ra Bắc (tất
nhiên, trên danh nghĩa là đã được Tây Sơn - Nguyễn Huệ chấp thuận). Chỉ sau thời gian ngắn,
Nguyễn Hữu Chỉnh đã đánh dẹp xong toàn bộ phe cánh của họ Trịnh. Tiếp đó, thay cho việc
