phò tá vua Lê, Nguyễn Hữu Chỉnh đến đóng chốt ở phủ chúa Trịnh và tự ý cắt đặt mọi công
việc, không hỏi gì đến vua Lê. Lê Chiêu Thống trong lòng rất uất giận, nhưng thế lực không
còn nên phải nhất mực tuân theo ý đồ của Nguyễn Hữu Chỉnh. Cùng thời gian này, theo mưu
đồ của Nguyễn Hữu Chỉnh, Nguyễn Văn Duệ cùng chuẩn bị nổi dậy ly khai Tây Sơn, độc
chiếm Nghệ An. Được tin này, Nguyễn Huệ sai Vũ Văn Nhậm đi bắt Nguyễn Văn Duệ, nhưng
Duệ đã sớm phát hiện được và mang quân chạy thẳng vào Quy Nhơn với Nguyễn Nhạc
(Nguyễn Văn Duệ vốn là tướng cũ của Nguyễn Nhạc). Việc sử dụng Nguyễn Văn Duệ chiếm
Nghệ An không thành, Nguyễn Hữu Chỉnh quay sang dùng thầy học cũ của mình là Trần
Công Sán dẫn đầu sứ bộ vào Phú Xuân, mượn lời vua Lê Chiêu Thống đòi lại đất Nghệ An
(Nghệ An là vùng đất vua Lê Hiển Tông nhường cho Tây Sơn làm lễ khao quân).
Nhận được thư đòi đất của "vua Lê”, Nguyễn Huệ hiểu ngay đây là mưu kế của
Nguyễn Hữu Chỉnh liền xuống lệnh bắt giam rồi mang ra biển thủ tiêu Trần Công Sán cùng
đám sứ bộ của Nguyễn Hữu Chỉnh. Cuối năm Đinh Mùi (1787), Nguyễn Huệ sai các tướng
Phan Văn Lân, Ngô Văn Sở mang quân ra Nghệ An phối hợp với Vũ Văn Nhậm và cử Nhậm
giữ chức tiết chế, chỉ huy quân thủy, bộ khẩn cấp ra Bắc Hà diệt Nguyễn Hữu Chỉnh.
Với thế và lực áp đảo, quân Tây Sơn đã nhanh chóng tiêu diệt toàn bộ lực lượng của
Nguyễn Hữu Chỉnh. Biết không thể ở lại Thăng Long được nữa, Nguyễn Hữu Chỉnh dẫn theo
Lê Chiêu Thống nhanh chóng vượt sông Hồng, tìm đường chạy lên vùng Kinh bắc, nhưng
chạy đến Mục Sơn thì Nguyễn Hữu Chỉnh bị quân Tây Sơn bắt mang về Thăng Long hành
quyết, còn Lê Chiêu Thống may mắn chạy thoát.
Nhưng, sau khi dẹp xong thế lực phản trắc Nguyễn Hữu Chỉnh, Vũ Văn Nhậm lại
cũng bộc lộ tham vọng cá nhân đen tối của mình - đó là, "gây dựng riêng cho mình một giang
sơn!". Để che mắt dư luận, Vũ Văn Nhậm tự ý lập Lê Duy Cẩn làm Giám quốc. Bởi theo Vũ
Văn Nhậm: "Lòng người Bắc Hà còn nhớ nhà Lê, không thể không tạm theo nguyện vọng của
mọi người"
17
. Nhưng, tất cả những ý đồ của Vũ Văn Nhậm không lọt qua được tai mắt của
Ngô Văn Sở, Phan Văn Lân và được cấp báo vào Phú Xuân cho Nguyễn Huệ.
Nhận được tin cấp báo, tháng 5 năm Mậu Thân (1788), Nguyễn Huệ tức tốc mang đại
binh tiến ra Thăng Long, diệt trừ toàn bộ bè đảng phản nghịch Vũ Văn Nhậm (nhưng vẫn giữ
lại Giám quốc Lê Duy Cẩn), đồng thời cử Ngô Văn Sở đảm trách việc trông coi đất Bắc Hà.
Những việc làm chính nghĩa, hợp lòng người của Nguyễn Huệ đã không chỉ được đa
số dân chúng quy thuận, mà còn được nhiều sĩ phu, quan lại tiến bộ Bắc Hà như Ngô Thì
Nhậm, Phan Huy Ích, Nguyễn Thế Lịch, Vũ Huy Tấn... tin tưởng ra phụng sự triều đình và
được Nguyễn Huệ trọng dụng, bổ nhiệm đảm trách nhiều chức tước trọng yếu. Đây cũng là
mốc thời gian ghi nhận đất Bắc Hà được sáp nhập hẳn vào lãnh thổ cai quản của Tây
Sơn - Nguyễn Huệ.
Những tưởng dẹp xong quân phản trắc Vũ Văn Nhậm, cơ bản dẹp xong các thế lực đối
nghịch, anh em Tây Sơn có thể "rảnh tay” tập trung cho việc xây dựng, hoàn thiện bộ máy
