Trịnh Tùng rút quân về Thanh Hoá.
Vua Mạc trở lại Thăng Long, nhưng chính sự ngày càng đổ nát, quân sĩ và lòng dân ly
tán, một số trốn sang hàng Lê - Trịnh. Thừa cơ, cuối năm Nhâm Thìn (1592), Trịnh Tùng đem
đại quân ra Thăng Long đánh trận quyết định. Mạc Mậu Hợp chạy về Kim Thành (Hải
Dương). Không lâu sau đó, Mạc Mậu Hợp bị quân Trịnh truy kích và bắt được tại một ngôi
chùa ở huyện Phượng Nhãn (Bắc Giang) đem về Kinh thành xử tử. Đến đây, nội chiến
Nam - Bắc triều kết thúc. Triều Mạc về cơ bản bị sụp đổ.
b) Trịnh - Nguyễn phân tranh
Sau một thời gian căng thẳng kéo dài do thái độ chống đối công khai, quyết liệt của
viên trấn thủ xứ Thuận - Quảng - chúa Nguyễn Phúc Nguyên, chính quyền trung ương
Lê - Trịnh quyết định mở cuộc chinh phạt thế lực họ Nguyễn ở phía Nam. Cuộc
Trịnh - Nguyễn phân tranh chính thức bùng phát.
Tháng 3 năm Đinh Mão (1627), Trịnh Tráng cùng vua Lê "mượn tiếng xem xét địa
phương, cho quân thuỷ bộ đều tiến"
34
, mở đầu cuộc chinh phạt vào đất Thuận Hóa. Sau khi sai
Nguyễn Khai, Nguyễn Danh Thế làm tiên phong, đem 5.000 quân đóng ở Hà Trung (Kỳ Anh,
Hà Tĩnh), Trịnh Tráng trực tiếp thống lĩnh đại binh tiến vào Thuận Hoá. Được tin cấp báo,
Nguyễn Phúc Nguyên sai Tôn Thất Vệ làm tiết chế, Nguyễn Hữu Đạt làm giám chiến, thống
lĩnh quân bộ, Hoàng tử Trung chỉ huy quân thủy nhanh chóng tổ chức cản phá quân Trịnh.
Khởi đầu cuộc chiến, tướng bên Trịnh là Lê Khuê đem kỳ binh đánh vào trận địa của
quân Nguyễn, nhưng bị đại bác của quân Nguyễn bắn trả dữ dội buộc phải rút lui.
Thấy quân Trịnh đóng ở bắc sông Nhật Lệ, lợi dụng mực nước thủy triều dâng lên vào
ban đêm, quân Nguyễn cho lính thuỷ mang đại bác lên thuyền bất ngờ đến tập kích vào đồn
trại, gây náo loạn trong đồn trại quân Trịnh. May mắn được Trịnh Tráng mang quân đến tiếp
ứng kịp thời, quân Trịnh mới giữ vững được thế trận.
Biết là kéo dài thời gian tiến công sẽ bất lợi, Trịnh Tráng tập trung binh lực, mở trận
tập kích lớn vào dinh lũy quân Nguyễn. Dựa vào hệ thống thành lũy và nhất là lực lượng
tượng binh ưu thế, quân Nguyễn đã nhanh chóng chặn phá, rồi phản công tiêu diệt bộ phận
lớn sinh lực, đánh bại hoàn toàn cuộc tiến công của quân Trịnh, giữ vững địa bàn. Tiếp đó,
Nguyễn Hữu Dật và Trương Phúc Gia cho người phao tin Trịnh Gia và Trịnh Nhạc sắp nổi
loạn. Bị thua trận lại nghe được tin thất thiệt, Trịnh Tráng và đội ngũ võ tướng thuộc quyền
thấy lòng không yên, vội vàng thu quân, rút về doanh trại củng cố lực lượng chuẩn bị cho các
cuộc tiến công mới
35
.
Đây là trận giao chiến mở đầu thời kỳ Trịnh - Nguyễn phân tranh và chiến thắng thuộc
về quân Nguyễn. Và cũng từ đây, nhiều người hiền tài đã tin tưởng tìm đến với Nguyễn Phúc
Nguyên, góp thêm tâm trí và sức lực mới cho họ Nguyễn.