Bãi Sậy so với các căn cứ khác là ở chỗ không có thành cao và công sự
đàng hoàng trên mặt đất. Nó chỉ có những con đường nhỏ hẹp, lầy lội thông
ra bên ngoài. Nghĩa quân cắm rất nhiều bẫy chông để bảo vệ căn cứ. Căn
cứ Hai Sông lại được xây dựng trên một vùng núi đá vôi có nhiều hang
động. Dựa vào căn cứ lợi hại này, nghĩa quân có thể áp dụng nhiều chiến
thuật chiến đấu rất linh hoạt và dễ dàng tiến đánh địch ở các vùng xung
quanh.
Khác với Bãi Sậy, căn cứ Ba Đình lại được xây dựng thành một đồn
lũy kiên cố trên ba làng Mỹ Khê, Thượng Thọ và Mậu Thịnh, xung quanh
là một cánh đồng trũng, nước sâu, bùn lầy. Mỗi làng ở đây được bao bọc
bởi những lũy tre dày đặc, kín mít. Để vào ba làng, người ta chỉ có thể đi
bằng một con đường duy nhất chạy từ bờ đê sông Đào xuống. Cách xây
dựng chiến lũy như vậy vừa bảo đảm cho nghĩa quân tác chiến linh hoạt,
vừa có thể hạn chế đến mức thấp nhất thương vong có thể xảy ra, trong
điều kiện phải lấy thô sơ chống chọi với hiện đại
100
. Chính thực dân Pháp
cũng rất ngạc nhiên và khâm phục những người chỉ đạo xây dựng căn cứ:
"Việc nghiên cứu bên trong Ba Đình khiến chúng tôi (giặc Pháp - BBS) hết
sức ngạc nhiên vì chứng tỏ các công sự đã được xây dựng với một kỹ thuật
cao như thế nào. Đường các công sự đã được xây dựng gấp khúc để tạo
thành khắp nơi những ổ tác chiến vững chắc"
101
. Hỗ trợ cho Ba Đình là căn
cứ Phi Lai (Phúc Thọ) của Cao Điển, Quảng Hóa của Trần Xuân Soạn ở
huyện Vĩnh Lộc, nhất là căn cứ Mã Cao của Hà Văn Mao - nằm ở phía tây
bắc Ba Đình với một hệ thống công sự rất kiên cố, gồm 1 pháo đài chính và
6 cụm pháo đài nhỏ, trên địa bàn rộng khoảng 3 km
2
. Điểm yếu của căn cứ
Ba Đình là xây dựng trên trục đường Bắc - Nam, con đường giao thông
huyết mạch của đất nước nên thực dân Pháp không thể không tập trung hết
sức để công phá.
Dựa vào địa thế hiểm trở của núi rừng các tỉnh Thanh Hóa, Nghệ
An, Hà Tĩnh và Quảng Bình, nghĩa quân Phan Đình Phùng đã xây dựng
một hệ thống căn cứ phòng thủ liên hoàn. Một số căn cứ quan trọng được
xây dựng khá kiên cố nhằm kiểm soát và bảo vệ những tuyến đường giao
