với cái chết trong trận chiến khiến Sydenham tin rằng có một sự phù trợ đặc biệt nào đó đã cứu mạng
ông.
Sau khi phe Bảo Hoàng bị đánh bại, Sydenham quay trở lại Oxford để học tiếp, và chưa đầy hai năm,
ông được cấp bằng cử nhân y học. Khi chiến sự xảy ra, Sydenham tái ngũ. Năm 1665, Sydenham thôi
không làm việc cho Oxford và mở một phòng mạch tư nhân tại một khu dân cư quý tộc gần kề với các
đầm lầy sinh sản bệnh sốt rét, nơi cứ đều đều sản xuất một lượng bệnh nhân sốt. Ông cũng tham gia
khám cho bệnh nhân nghèo tại nhiều bệnh viện tại London. Mặc dù Sydenham có nhận chứng chỉ hành
nghề của Viện các thầy thuốc Hoàng gia vào năm 1663, nhưng lại chưa bao giờ được cái danh dự trở
thành thành viên của tổ chức danh giá này. Kẻ thù của ông còn tìm cách để rút lại chứng chỉ hành nghề
và tống ông ra khỏi Viện các thầy thuốc vì lý do có những ý tưởng khác biệt trong y học và việc hành
nghề không theo quy cách. Ở một thời đại mà sự lăng mạ cá nhân thường xảy ra trong cuộc trao đổi nghề
nghiệp, thì Sydenham luôn luôn sẵn sàng đáp trả những lời lăng mạ có thực hay do tưởng tượng. Biện hộ
cho những việc không được học hành chính quy, Sydenham kiêu hãnh cho rằng mình có khả năng “suy
nghĩ trong khi những người khác chỉ biết đọc”.
Những nguyên tắc của Thanh giáo, nhất là tư tưởng cho rằng làm tăng kiến thức hữu ích là một nghĩa vụ
tôn giáo tối thượng, đã đưa Sydenham tiếp cận với y học. Nghiên cứu xác chết là vô ích bởi vì chết là
một sự chấp nhận thất bại, hoặc là bằng chứng của sự chăm sóc không đầy đủ. Theo Sydenham, giáo dục
y khoa chỉ nên thực hiện bên giường bệnh, chứ không phải ở lớp học, thư viện hoặc ở giảng đường giải
phẫu học. Mặc dù ngưỡng mộ Hippocrates, nhưng Sydenham nhấn mạnh rằng chỉ có kinh nghiệm mới là
thầy của mình. Nhiều câu chuyện do các học trò Sydenham kể lại đã phản ánh thái độ này. Lấy ví dụ, khi
BS Richard Blackmore xin ý kiến Sydenham là nên chọn quyển sách nào tốt nhất để học ngành y, ông đã
trả lời: “hãy đọc Don Quixote, đây là một quyển sách rất tốt, tới nay tôi vẫn còn đọc”. Có lẽ cách đối đáp
này đã phản ánh ý kiến của ông cho cả vị bác sĩ Blackmore trẻ tuổi và y văn của thời ấy, cùng với kính
hiển vi và môn giải phẫu bệnh học ông ta cũng cho là phù phiếm và không mấy liên quan gì.
Mặc dù Sydenham chế giễu những cố gắng nghiên cứu các tác hại của bệnh tật qua việc mổ xác, nhưng
ông vẫn cho rằng việc nghiên cứu kỹ diễn biến tự nhiên của bệnh của bệnh nhân là có giá trị trong việc
đào tạo. Theo BS Robert Pitt, khi nghiên cứu kỹ lưỡng diễn biến của bệnh trong một bệnh viện dành cho
tầng lớp nghèo, Sydenham có thể xác định là sốt đó có thể chữa bằng “Sức mạnh tự nhiên”, hoặc phải
cần đến “Trích máu, Gây ói, Xổ...” trước khi nó gây nguy hại cho mạng sống của con người cao quý. Khi
bị tố cáo là làm giảm tính cao quý của nghệ thuật chữa bệnh với việc đưa ra các thứ thuốc đơn giản,
Sydenham đáp trả là người khôn ngoan biết được “bất cứ thứ gì có ích đều tốt”. Không những chỉ các
thứ thuốc đơn giản mới hữu ích, chúng còn an toàn hơn là “những thứ thuốc phù phiếm và quá bác học”
lắm khi lại làm cho bệnh nặng thêm khiến cho người bệnh bị hành hạ “chết vì bác sĩ của mình”. Khi
khuyến cáo mọi thứ đều phải chừng mực, đơn thuốc của Sydenham gồm có chế độ ăn thích hợp, thuốc,
vận động, và opium, thứ thuốc mà Thượng đế đã tạo ra để làm giảm đau đớn. Ngay cả với một cách điều
trị đơn giản, như dùng một miếng vải nhúng vào nước hoa hồng rồi đắp lên trán, lắm khi lại còn tốt hơn
bất kỳ thứ thuốc giảm đau nào khác.
Năm 1665, năm xảy ra vụ Đại dịch hạch, Sydenham đưa gia đình ra khỏi London. Khi sống tại vùng quê,
ông có thời gian để hoàn thành tác phẩm “Các nhận xét y học liên quan đến lịch sử và chữa trị các bệnh
cấp tính”. Là người hâm mộ khoa học về phân loại vốn đang phát triển nhanh, Sydenham đưa ra các
phương pháp tương tự để nghiên cứu diễn biến tự nhiên của bệnh. Do Tự nhiên hình thành sự đồng nhất
