nhiều đến học thuyết này, nhưng ngoài mặt, ông ta ra sức triệt bỏ những người ủng hộ thuyết tự sinh và
các đồng minh của họ trong ngành y. Sau khi xây dựng mô hình thực nghiệm lấy cơ sở từ những nghiên
cứu của Francesco Redi (1626-1698) cho rằng ruồi sinh ra từ thịt để thối, Pasteur bắt đầu chứng minh
rằng các vi sinh vật không tự phát sinh ra từ các môi trường được tiệt trùng đúng cách và tất cả những cái
gọi là bằng chứng ủng hộ lập luận trái ngược chỉ là do kỹ thuật cẩu thả và tác nhân con người (artefacts)
trong thực nghiệm.
Những luận điểm triết học về nguồn gốc sự sống, dù theo chủ nghĩa duy vật hay vô thần, hoặc tôn giáo
và chủ nghĩa duy linh tất cả đều không liên quan gì đến những mối âu lo hàng ngày của những nhà làm
rượu vang và các phẫu thuật viên. Luận điểm thực tế đưa ra trong khuôn khổ cuộc tranh luận về thuyết tự
sinh là, theo các điều kiện hiện thời, sự lên men, sự thối rữa, nhiễm trùng và các bệnh dịch tất cả đều do
các vi sinh vật nhất định có mặt trong không khí và trên các bề mặt, bao gồm các dụng cụ, băng gạc, gạc
thấm, và bàn tay của các phẫu thuật viên. Khả năng mang trùng của không khí có thể đo được bằng cách
hút không khí qua những cái lọc bằng bông vải để lấy các hạt bụi nhỏ có chứa đầy vi trùng. Số lượng và
chủng loại các vi trùng trong không khí còn phụ thuộc vào nhiều yếu tố môi trường; chẳng hạn, thành
phần vi trùng trong không khí bệnh viện rất cao khi so sánh với không khí trên núi.
Một trong những thí nghiệm đơn giản và đầy thuyết phục nhất của Pasteur là cách sử dụng những chiếc
bình cổ cong. Khi dùng lửa tiệt trùng đúng mức các chất dịch đựng trong các chiếc bình có dạng hình
chữ S, thì môi trường bên trong bình sẽ vô trùng dù rằng không khí vẫn có thể chui vào bình. Những
người chống đối không thể cho rằng một lực sống bí mật nào đó đã bị tống ra khỏi môi trường, bởi vì
nếu đặt nghiêng chiếc bình sao cho môi trường vô trùng được chạm với các hạt bụi nhỏ chứa vi trùng bị
bẫy dính nằm phần cong của cổ bình, thì chẳng bao lâu sau đó môi trường sẽ đầy rẫy các vi sinh vật. Mặc
dù hầu như tất cả các loại môi trường đều có thể được tiệt trùng bằng các phương tiện tương đối đơn
giản, một số trường hợp ngoại lệ sau này được phát hiện là do sự hiện diện của những bào tử chịu được
nhiệt, những bào tử này sẽ sinh ra các vi sinh vật khi gặp điều kiện thích hợp. Tin tưởng rằng một cuộc
cách mạng trong y học chỉ có thể thực hiện được khi nào những người bảo vệ thuyết tự sinh bị đánh bại
hoàn toàn, cho nên Pasteur và các học trò đã đưa ra những kỹ thuật vô trùng giúp cho ngành vi sinh và
phẫu thuật hiện đại ra đời. Mặc dù rõ ràng đã phí công vô ích chiến đấu chống lại những người ủng hộ
thuyết tự sinh, Pasteur cảnh báo rằng sự phát triển những phương pháp duy lý nhằm mục đích ngăn ngừa
vào điều trị bệnh tật còn tùy thuộc vào việc có loại trừ được học thuyết sai lầm về sự tự sinh hay không.
Quá biết rằng trong y giới còn có nhiều người vẫn hoài nghi về các học thuyết của mình, cho nên Pasteur
chưa muốn tấn công thẳng vào những bệnh tật ở động vật bậc cao. Tuy nhiên, năm 1865, thể theo lời yêu
cầu của bạn mình là Jean Baptiste Dumas (1800-1884) và ông Bộ trưởng Canh nông, Pasteur bắt đầu
tham gia nghiên cứu những bệnh trên tằm. Đến năm 1870, Pasteur chứng minh có hai thứ bệnh do vi
sinh vật gây cho tằm. Tuy nhiên, tình trạng đe dọa cho kỹ nghệ tằm tơ của Pháp lại là kết quả của nhiều
mối tương tác phức tạp giữa các yếu tố môi trường, thiếu dinh dưỡng và vi sinh vật. Nghiên cứu về bệnh
của tằm là sự quá độ giữa các nghiên cứu về sự lên men và những nghiên cứu về các tác nhân vi sinh gây
bệnh than, bệnh tụ huyết trùng ở gà (còn gọi là bệnh tả gà, tác nhân gây bệnh là Pasteurella multocida),
bệnh đóng dấu lợn (swine erysipela do Erysipelothrix rhusiopathiae), sốt hậu sản, bệnh tả và bệnh dại.
Khi Pasteur tin tưởng nhiều hơn về khả năng ứng dụng của học thuyết bệnh là do vi trùng, ông tìm được
nhiều cộng tác viên có tài để triển khai các thí nghiệm trên động vật bậc cao và thậm chí trên bệnh nhân
nữa. Trái với những điều thần thánh hóa về Pasteur, không phải tất cả các nghiên cứu của ông đều thành
