trường dần dần chấp nhận một chương trình giảng dạy dựa vào phòng thí nghiệm, chương trình này được
coi là tuyệt đối cần thiết theo báo cáo của Flexner về giáo dục y khoa tại Mỹ và Canada năm 1910.
Trong khi phần lớn các bác sĩ và phẫu thuật viên tìm cách dung hòa ngành y với lý thuyết bệnh là do vi
trùng, một số vẫn còn chống đối thuyết này đến tận thế kỷ 20. Lấy ví dụ, Charles Creighton (1847-1927),
người Anh, là nhà bệnh lý học, dịch tễ học, sử gia y học và người chống cách tiêm chủng của Jenner đã
lập luận rằng chướng khí, những xáo trộn khí hậu và chất độc trong đất là những yếu tố quan trọng nhất
trong sự hình thành các vụ dịch. Mặc dù Ceighton thừa nhận thực tế là vi trùng có liên quan đến một số
bệnh, nhưng ông ta không thừa nhận đó là những tác nhân nguyên nhân. Nhiều người trong nhóm chối
bỏ thuyết bệnh là do vi trùng đã tham gia tích cực trong các phong trào cải cách vệ sinh hoặc vệ sinh môi
trường, những phong trào này đã gây được nhiều thành công có ý nghĩa trong việc cải thiện y tế tại các
thành phố. Trên thực hành, một trận tấn công toàn lực vào sự bẩn thỉu, sự vấy nhiễm và ô nhiễm có thể
còn hữu hiệu trong việc phòng chống lâu dài các bệnh dịch và bệnh lưu hành hơn là tấn công vào những
tác nhân gây bệnh chuyên biệt, bởi vì công việc này làm cải thiện chung các điều kiện vệ sinh.
Nhân vật bất khuất Max von Pettenkofer (1818-1901), một người không mấy cảm tình với thuyết bệnh là
do vi trùng, đã thành lập Viện Vệ sinh đầu tiên. Sau khi cân nhắc kỹ lưỡng mình sẽ theo nghề nào,
Pettenkofer quyết định học sinh lý học, hóa học và y học. Năm 1843, ông lấy bằng y khoa tại Munich. 4
năm sau, ông được bổ nhiệm làm giáo sư ngành hóa học y học, nhưng đến năm 1878, để tưởng thưởng
cho công trình tiên phong về vệ sinh và dịch tễ học của ông, ông trở thành giáo sư đầu tiên của môn vệ
sinh. Pettenkofer tin rằng khoa vệ sinh sẽ phát hiện được nguồn gốc của các bệnh truyền nhiễm và sẽ là
phương tiện hữu hiệu nhất để phòng ngừa những bệnh này. Cách tiếp cận của ông đối với y học là vệ
sinh môi trường mà hiện nay ta gọi là môn y học môi trường. Gạt bỏ những kết luận chính do Pasteur,
Koch và những nhà săn vi trùng vạch ra, Pettenkofer tiếp tục lập luận rằng chính chướng khí, các điều
kiện của đất, và những xáo trộn khí hậu mới là nguyên nhân chính hình thành và phát tán bệnh. Lấy ví
dụ, trong khi xem nhẹ việc phát hiện vi sinh vật gây ra bệnh tả, Pettenkofer xây dựng “thuyết nước
ngầm” của mình về sự hình thành chất khí độc sinh ra bệnh tả. Từ cơ sở của lý thuyết này, ông ta thực
hiện rất thành công một chiến dịch cải thiện hệ thống nước thải tại Munich. Nhờ những cải cách vệ sinh
này, Munich đã làm giảm có ý nghĩa gánh nặng các bệnh đường ruột. Phản đối lập luận của Koch cho
rằng tác nhân gây bệnh tả là một trực khuẩn dạng phẩy hoặc Cholera vibrio, năm 1892, trước sự hiện
diện của những người làm chứng đầy đủ tư cách, Pettenkofer đã nuốt trọn một dịch canh cấy có chứa
phẩy khuẩn tả. Sau này, Pettenkofer thú nhận rằng trước đó ông đã từng bị một số rối loạn đường ruột,
nhưng ông không chịu chẩn đoán đó là bệnh tả.
Những cải thiện trong hệ thống cung cấp nước và xử lý nước thải để ứng phó với bệnh tả cũng đã làm
giảm đi mối đe dọa đối với các bệnh lây truyền theo đường nước như sốt thương hàn chẳng hạn. William
Budd (1811-1880), tác giả của chuyên luận kinh điển Sốt thương hàn, bản chất, cách lây lan và dự
phòng (1873), chứng minh là nước bị vấy nhiễm bởi phân của người bệnh sốt thương hàn đã làm lây
truyền bệnh này từ nhà này sang nhà khác. Các nạn nhân sốt thương hàn lên cơn sốt, phát ban, nhức đầu,
sình bụng, tiêu chảy, qườ quạng, cuồng sản, hôn mê hoặc viêm phúc mạc và xuất huyết dạ dày -ruột. Sau
khi Salmonella typhi được phát hiện trong thập niên 1880, Robert Koch đề ra các phương cách thực tiễn
để ngăn chặn không cho bệnh này lây lan. Việc cô lập “người lành mang mầm bệnh” trở thành một trong
những vấn đề gây nhiều tranh cãi nhất trong cuộc chiến y tế công cộng chống lại các bệnh sốt thương
hàn.
