Đến khi nhà Mạc cướp ngôi nhà Lê, đình thần nhiều người a dua về Mạc Đăng Dung, ai không nghe phải giết. Đăng Dung sai người
dụ Công Duệ theo về làm quan với mình, Công Duệ chửi mắng rầm rã, nhất định không thèm theo kẻ nghịch thần, nhưng liệu mình cũng
không thoát được tay nó, mới đeo cả quả ấn ngự sử đâm đầu xuống cửa bể Thần Phù mà chết.
Cách 60 năm nữa, nhà Lê trung hưng, khôi phục được kinh thành Thăng Long, sai đúc ấn ngự sử, thì đúc mãi không thành được quả
ấn. Mới sai người lặn xuống cửa bể Thần Phù, tìm quả ấn trước. Người lặn xuống đến nơi thì thấy Công Duệ vẫn còn mặc áo đội mũ chỉnh
tề, cổ đeo túi ấn, ngồi xếp hằng tròn ở dưới đáy bể như thuở sinh thời.
Người ấy sợ hãi, lên tâu truyện với vua Trang Tôn. Vua lấy làm lạ, chắc là bụng tinh thành của Công Duệ kết lại, mới sai quan làm lễ
khấn bái, rồi sai người đem xác Công Duệ lên, dùng lễ khâm liệm, bỏ vào áo quan, làm ma đưa về đến làng Trình Xá an táng, truy phong
làm thượng đẳng phúc thần.
