Mọc lên từ trên hai tầng đó là lớp vỏ não mới của con người thông minh và
biết tưởng tượng, được chia làm hai bán cầu trái và phải có khả năng sáng tạo
ra nghệ thuật và vật lí. Theo MacLean, bộ não ba trong một này hoạt động như
“ba máy tính sinh học liên kết qua lại với nhau, (mỗi máy tính) đều có trí tuệ
riêng, tính chủ quan riêng, và cảm giác riêng của nó về không gian và thời
gian..”. Phần não bò sát lại giống trong người mà MacLean gọi là phức hợp R,
chứa các chương trình hành vi cứng nhắc, ám ảnh, bắt buộc, đều đều máy móc
và hoang tưởng. Phần não động vật có vú cổ, theo thuật ngữ giải phẫu học là
hệ ngoại vi, là chỗ của các cảm xúc cổ điều khiển hành động ăn, chạy trốn,
chiến đấu, tình dục; và như vậy bảo đảm cho sự sống sót. Bởi vì tất cả cảm xúc
đều hoặc là không hay hoặc là dễ chịu, cho nên khoan khoái hay đau đớn là hai
tiêu chí mà hệ limbic phán định các trải nghiệm. Trong hai bán cầu não, thì bán
cầu phải ở vị trí thông tin trực tiếp hơn với các bản năng cổ của loài bò sát và
cảm xúc nguyên thủy của động vật có vú.
Bản năng không cho phép bất cứ biến dạng nào trong phản xạ của một cơ
quan trước một kích thích nhất định. Bản năng đã được “tích hợp thành mạch
cứng” trong não các Con thằn lằn và rắn, buộc chúng phản xạ lúc nào cũng
như lúc nào trước một kích thích cụ thể nào đó. Với động vật có vú, cảm xúc
có thể được coi là những tàn dư bị chặt cụt của bản năng. Chúng khác với
những phản ứng máy móc tự động của lớp bò sát ở chỗ chúng chỉ là bản năng
một nửa. Một kích thích cụ thể nào đó chạm đến bộ máy các giác quan của
động vật có vú sẽ luôn luôn kích hoạt việc giải phóng cùng một chuỗi phức tạp
các chất trung gian thần kinh và hormone. Xúc cảm đã bắt buộc động vật có vú
và cháu con của chúng, loài linh trưởng, phải thực hiện những mẫu hình hành
vi bản năng lặp đi lặp lại. Sợ hãi buộc chúng chạy. Căm giận, bực tức và ghen
tuông khiến chúng giết. Ghen tỵ và tham lam xui chúng ăn cắp, thèm khát dục
tính gạt sang một bên tất cả thận trọng, làm chúng hành động theo một cách có
thể gây nguy hiểm cho sự an toàn của chính chúng. Tuy nhiên, động vật có vú
có bộ não phức tạp hơn bò sát và có thể đưa ra quyết định; vì thế chúng có
năng lực lựa chọn một trong nhiều phản ứng. Ví dụ, thèm khát tính dục có thể
làm một con hải cẩu voi đực mới lớn muốn lăn vào giao cấu với một con cái,
nhưng nỗi sợ hãi sức mạnh của con đực đầu đàn sẽ làm cho nó ngập ngừng. Có
