Trải suốt chín đời chúa Nguyễn, các đội này đã duy trì hoạt động gần như
thường xuyên và liên tục, cho đến tận nửa sau thế kỉ 18. Chỉ đến năm 1775,
khi bị thua quân Trịnh phải bỏ Phú Xuân theo đường biển rút vào Nam Bộ,
các chúa Nguyễn mới mất quyền kiểm soát đối với các đội Hoàng Sa và Bắc
Hải, và đội đã phải ngưng hoạt động một thời gian. Nhưng ngay khi chiến
tranh tạm lắng, người dân đảo Lí Sơn, cái nôi của đội Hoàng Sa đã đệ đơn
xin nhà chức trách cho lập đội trở lại. Từ đấy, dù là dưới thời nhà Nguyễn
Tây Sơn hay nhà Nguyễn Gia Long, đội Hoàng Sa luôn duy trì hoạt động.
Họ không chỉ ra đảo khai thác hải vật, mà còn tiến hành đo vẽ thủy trình, lập
bản đồ các đảo, cắm mốc chủ quyền quốc gia và trồng cây xanh trên nhiều
hòn đảo để tàu thuyền nước mình cũng như nước ngoài dễ nhận biết... Đặc
biệt dưới thời vua Minh Mạng, việc khảo sát, khai thác, thực thi chủ quyền ở
hai vùng biển đảo Hoàng Sa và Trường Sa được tiến hành ráo riết và bài
bản.
