Thắng trận, Trần Cảo lại đem quân tiến đánh kinh thành. Lần này, do có
phần chủ quan, lại gặp phải Trần Chân là một tướng giỏi của Lê Chiêu
Tông, “quân ba chỏm” bị thua nặng. Trần Cảo phải chạy lên Lạng Nguyên.
Quân Trần Cảo và quân triều đình lấy sông Cầu làm ranh giới. Sau nhiều
ngày đánh nhau với Trần Chân không phân thắng bại, Trần Cảo “truyền
ngôi” cho con là Trần Cung. Ông cạo đầu làm sư, giấu tên để trốn tránh.
Mặc dù không biết kết cục của ông ra sao, nhưng tại các thôn Bảo Lộc, An
Lạc, Chu Nguyên (thuộc phủ Lạng Giang, Bắc Giang) vẫn còn đền thờ Trần
Cảo, nên người ta phỏng đoán ông chết ở đó.
Trần Cung cũng xưng làm vua, tiếp tục chiếm cứ mạn phía đông chống lại
triều đình. Tới năm 1521, ông mới chịu thất bại dưới tay Mạc Đăng Dung,
viên tướng giỏi nhất của nhà Lê. Trần Cung bại trận chạy lên châu Thất
Nguyên rồi bị triều đình tầm nã bắt được, giải về kinh hành hình.
Khởi nghĩa Trần Cảo là cuộc khởi nghĩa lớn nhất thời Lê Sơ, được coi là
một nguyên nhân khiến cho nhà Lê sụp đổ. Nhiều người cũng cho rằng, việc
ông tin vào lời sấm truyền “phương Đông có thiên tử khí” để xưng vua phất
cờ khởi nghĩa không phải là không có cơ sở. Bởi Mạc Đăng Dung, người
đánh bại con ông cũng xuất thân từ phương có “khí thiên tử” đó
, và không
lâu sau cũng soán ngôi nhà Lê, tự lập làm vua