Nguyễn Ánh sợ hãi bỏ trốn, bị quân Tây Sơn truy đuổi, phải chạy ra đảo
Thổ Châu, Cổ Cốt ẩn náu. Sau đó ít lâu đành muối mặt tìm sang Vọng Các
nương nhờ vua Xiêm.
Chiến thắng Rạch Gầm - Xoài Mút đã khẳng định thiên tài quân sự của
Nguyễn Huệ. Ông đã nắm chắc được quy luật con nước thủy triều, giống
như thuở Ngô Quyền, Lê Hoàn, Trần Hưng Đạo khi xưa vận dụng trong các
lần chiến thắng Bạch Đằng.
Đồng thời với chiến thắng này, Nguyễn Huệ đã trở thành biểu tượng của
sức mạnh toàn dân Đại Việt đứng lên chống giặc ngoại xâm.