Thế lực Nam triều ngày càng lớn mạnh, đến năm Quý Tị (1593) thì đánh
đuổi được nhà Mạc ra khỏi Thăng Long. Vua tôi nhà Lê ca khúc khải hoàn
trở về đất đế đô. Đại Việt sử kí toàn thư viết: “Lúc ấy vua từ hành tại Vạn
Lại, tháng Ba thì khởi hành, qua thành Tây Đô, tiến thẳng theo đường
Quảng Bình ra Thiên Quan, qua các huyện Mĩ Lương, Chương Đức đi một
tháng đến huyện Thanh Oai thì đóng quân. Tiết chế Trịnh Tùng đem các
quan văn võ đến Thanh Oai đón rước thánh giá, cử nhã nhạc cùng đi về
kinh... Tháng Tư ngày 16, vua lên chính điện nhận lễ chầu mừng của trăm
quan. Đại xá thiên hạ.”
Sau 47 năm giữ vai trò là hành điện của vua Lê (1546-1593), Vạn Lại kết
thúc sứ mệnh của một kinh đô thời loạn, nhưng đã giữ yên thế ổn định, vững
vàng cho xã tắc. Ngày nay, dấu tích còn lại trên nền móng cung điện hoang
phế là đôi voi đá và đôi ngựa đá. Voi dài 2,6 m, cao 1,4 m, ngựa dài 1,4 m,
cao 0,95 m, được tạc theo phong cách tả thực bằng đá xanh nguyên khối trên
thềm cung điện xưa, nơi các vua Lê từng thiết triều. Đây là hai cặp linh thú
lớn nhất thời Lê Trung hưng còn lại với thời gian.
