Kim. Do đó, Trịnh Tùng gọi Nguyễn Kim bằng ông ngoại, gọi Nguyễn
Hoàng bằng cậu ruột. Ông được phong tước Phúc Lương hầu.
Khi Trịnh Kiểm mất, vua Lê Anh Tông trao binh quyền cho Trịnh Cối,
con vợ cả của Trịnh Kiểm. Tuy nhiên, Trịnh Cối ham mê tửu sắc, ngày càng
càn rỡ kiêu ngạo, không thương gì đến quân lính, vì thế các tướng không
phục, theo về với Phúc Lương hầu Trịnh Tùng. Được các quan quân tôn
phò, Tùng đem quân đến yết kiến vua Lê. Trước mặt vua Lê, Phúc Lương
hầu rập đầu khóc mà tâu rằng:
- Anh thần là Cối say đắm tửu sắc, mất lòng mọi người, sớm muộn thế
nào cũng sinh loạn. Thần phải nửa đêm đến cửa khuyết tố cáo, xin thánh
thượng thu nạp cho.
Rồi Trịnh Tùng mật tâu vua rời vào cửa Vạn Lại lập hành cung, chia quân
canh giữ đề phòng Trịnh Cối. Hôm sau Trịnh Cối đốc các tướng đem quân
đuổi theo đến Vạn Lại, đóng quân bao vây ở ngoài. Hai bên cầm cự nhau
đến bảy ngày trời, Trịnh Cối thấy đánh mãi không phá được thành, tự lui
quân về.
Vua Mạc biết tin hai anh em họ Trịnh tranh nhau quyền vị nên tháng 8
năm 1570, sai Mạc Kính Điển đem quân đánh vào Thanh Hóa. Trịnh Cối
liền đầu hàng nhà Mạc. Mạc Kính Điển chấp thuận, phong Cối làm Trung
Lương hầu, rồi rút quân về. Quân Bắc triều rút rồi, Trịnh Tùng nắm binh
quyền ở Nam triều.
Thời gian đầu, quan hệ giữa vua Lê Anh Tông và Trịnh Tùng khá hòa
thuận. Nhà vua vẫn can dự việc triều chính, kể cả việc quân. Mặc dù giao
quyền hành cao nhất cho Trịnh Tùng, ban tước Trưởng Quận công nắm giữ
binh quyền, nhà vua vẫn nhiều lần đích thân thống lĩnh đại quân cùng Trịnh
Tùng ra Bắc đánh Mạc. Các tướng họ Lê như Lê Cập Đệ, một viên tướng
giỏi của Trịnh Kiểm khi xưa vẫn tiếp tục “phục vụ” đắc lực cả hai họ.
Nhưng rồi đến năm 1572, nội bộ Nam triều bắt đầu lục đục. Lê Cập Đệ mưu
giết Trịnh Tùng để giành quyền lại cho vua Lê. Âm mưu bị bại lộ. Lê Cập
Đệ bị Trịnh Tùng giết chết. Vua Lê Anh Tông biết tin sợ hãi, đang đêm phải
đem bốn hoàng tử chạy vào thành Nghệ An. Trịnh Tùng cho người hạ sát
