Các thành phố đầu hàng quân Mông Cổ ban đầu thấy họ được
đối xử quá hiền lành so với các câu chuyện kinh hoàng đang lan
truyền rộng rãi, nên sinh ra nghi ngờ khả năng của quân Mông Cổ ở
cả các lĩnh vực khác. Sau khi ra hàng, nhiều thành phố ngoan ngoãn
chờ đợi cho tới khi quân Mông Cổ đã đi xa khỏi nước họ, rồi vùng
lên khởi nghĩa. Vì quân Mông Cổ chỉ để lại một vài tướng lĩnh kiểm
soát và không để lại một đội quân gác thành, dân chúng nhầm
tưởng việc quân Mông Cổ rút quân là điểm yếu và cho rằng quân
đội chính sẽ không bao giờ quay lại. Với những thành phố này, quân
Mông Cổ không có chút khoan nhượng; họ nhanh chóng trở lại và
thẳng tay tiêu diệt những kẻ nổi loạn. Một thành phố hoang tàn sẽ
không thể nổi dậy lần nữa.
Một trong những vụ thảm sát đẫm máu nhất đã xảy ra với thành
phố Nishapur, quê hương của Omar Khayyám. Người dân nổi dậy
chống lại quân Mông Cổ, và trong trận chiến diễn ra sau đó, một mũi
tên bắn từ trên tường thành đã giết chết Tokuchar, con rể của Thành
Cát Tư Hãn. Để trả thù cho cuộc nổi dậy và làm bài học cho các
thành phố khác, Thành Cát Tư Hãn cho phép con gái ông, giờ là
goá phụ và đang mang thai, được trừng phạt thành phố theo bất kỳ
cách nào cô muốn. Cô được cho là đã yêu cầu tất cả phải chết, và
vào tháng Tư năm 1221, quân lính ra tay thi hành mệnh lệnh này.
Theo các câu chuyện được lan truyền rộng rãi nhưng không được
kiểm chứng, cô yêu cầu quân lính chất đầu của dân chúng thành ba
tháp riêng biệt – đàn ông, đàn bà và trẻ em. Sau đó, cô được cho là
