Theo những nguồn tư liệu có lý nhất nhưng không hoàn toàn
được kiểm chứng, bệnh dịch này bắt nguồn từ phía nam Trung Hoa,
và các chiến sĩ Mông Cổ đem theo nó về phía bắc. Vi khuẩn dịch
hạch sống trong ruồi, chúng đậu trên chuột đi trong các chuyến hàng
thực phẩm hay các cống phẩm khác từ miền Nam. Dù thông thường
ruồi không lây bệnh cho người và tránh xa mùi ngựa, chúng sống
trong các bao thóc, quần áo và những nơi khác gần người để chờ
cơ hội đậu lên họ. Một khi những con ruồi mang mầm bệnh tới sa
mạc Gobi, chúng dễ dàng tìm được nơi trú ẩn mới trong hang
macmôt và đàn thú gặm nhấm, và vẫn tồn tại ở đó tới bây giờ. Trên
vùng thảo nguyên Mông Cổ rộng rãi, bệnh dịch vẫn hiểm độc như
vậy, song không nguy hiểm bằng nhờ môi trường ít dân cư. Ngay cả
ngày nay, vào mùa hè, một số ít người vẫn chết vì dịch hạch, nhưng
nhờ số dân ít ỏi sống giữa nhiều ngựa và không có nhiều ruồi trong
nhà người Mông Cổ nên bệnh không bùng phát thành dịch. Trong
khi đó, trong các khu vực thành thị đông đúc ở Trung Hoa và ở các
khu thành thị khác sau này, căn bệnh tìm thấy môi trường sống hoàn
hảo bởi chuột ở đây đã sống gần người rất lâu nên không ai nghĩ
chúng là mầm mống gây bệnh.
Năm 1331, các nhà chép sử ghi lại rằng 90% dân chúng tỉnh Hồ
Bắc đã chết. Tới năm 1351, khoảng một nửa tới hai phần ba dân số
Trung Hoa đã chết vì bệnh dịch hạch. Đầu thế kỷ mười ba, dân số
nước này ở khoảng 123 triệu người, nhưng tới cuối thế kỷ mười bốn
đã giảm xuống chỉ còn 65 triệu người.