Giặc thua và bỏ chạy; các cuộc chiến kết thúc với quá nhiều sinh mạng
hy sinh và thị trấn bị phá hủy. Phải mất nhiều năm mới tái thiết lại đất nước.
Năm Quý Tỵ (1293), Ngài nhường ngôi lại cho con là Trần Anh Tông,
lên làm Thái thượng hoàng. Ở ngôi Thái thượng hoàng để chỉ dạy cho con
được sáu năm, Ngài sắp đặt việc xuất gia.
Đến tháng Mười năm Kỷ Hợi (1299) Ngài xuất gia vào tu ở núi Yên Tử.
Ở đây, Ngài chuyên cần tu tập theo Hạnh đầu đà (khổ hạnh) lấy hiệu là
Hương Vân Đại Đầu Đà.
Đến năm Giáp Thìn (1304), Ngài đi khắp nơi khuyên dân dẹp bỏ những
dâm từ (miếu thờ thần không chánh đáng), và dạy họ tu hành thập thiện.
Vào mùa đông năm ấy, vua Anh Tông dâng biểu thỉnh Ngài về đại nội để
truyền giới Bồ Tát tại gia. Sau đó, Ngài chống gậy đến chùa Sùng Nghiêm
ở núi Linh Sơn để truyền bá Thiền tông.
Ngày mùng một tháng Giêng năm Mậu Thân (1308), Ngài sai Pháp Loa
đến huyện Siêu Loại tại Báo Ân Thiền Tự khai giảng trụ trì. Tháng Tư năm
ấy, Ngài đến chùa Vĩnh Nghiêm ở Lượng Giang kiết hạ và sai Pháp Loa
khai giảng trụ trì. Chính Ngài giảng Truyền Đăng Lục, bảo Quốc sư Đạo
Nhất vì chúng giảng kinh Pháp Hoa. Bãi hạ, Ngài vào núi Yên Tử, đuổi hết
những người cư sĩ theo hầu hạ và những kẻ nô dịch trong chùa, không được
chực hầu như trước. Chỉ để lại mười vị thị giả thường theo Ngài. Ngài lên ở
am Tử Tiêu, vì Pháp Loa giảng Truyền Đăng Lục. Thị giả xuống núi gần
hết, duy có đệ tử thượng túc là Pháp Loa còn ở lại.
Từ đây, Ngài leo khắp các núi, tìm kiếm các hang động, ở tại thạch thất.
Pháp Loa thấy thế bạch: “Tôn đức tuổi đã già yếu, mà xông pha trong
