Ngay sau chiến thắng của Perón, những người ủng hộ ông trong Hạ
viện đề nghị bãi nhiệm bốn trong số năm thẩm phán của Tòa án Tối cao.
Nhiều cáo buộc được đưa ra chống lại tòa này. Một trong số đó là quyết
định vi hiến của tòa trong việc công nhận hai chính thể quân sự năm 1930
và 1943. Khá mỉa mai là Perón đóng một vai trò quan trọng trong cuộc đảo
chính thứ hai. Những cáo buộc khác tập trung vào phán quyết của tòa về
tính vi hiến của một số đạo luật, tương tự như những gì đã xảy ra ở Hoa
Kỳ. Cụ thể là, ngay trước khi Perón đắc cử tổng thống, Tòa án Tối cao đã
đưa ra phán quyết rằng hội đồng quan hệ lao động quốc gia mới của Perón
là vi hiến. Giống Roosevelt trong chiến dịch tái tranh cử năm 1936 đã chỉ
trích Tòa án Tối cao một cách nặng nề, Perón cũng đã làm tương tự trong
chiến dịch tranh cử năm 1946 của mình. Chín tháng sau khi yêu cầu bãi
nhiệm được đưa ra, Hạ viện đã thông qua việc bãi nhiệm ba thẩm phán,
người thứ tư đã từ nhiệm trước đó. Thượng viện cũng nhất trí với quyết
định này. Perón sau đó bổ nhiệm bốn thẩm phán mới. Việc lũng đoạn tòa án
rõ ràng đã giải phóng Perón khỏi các trói buộc chính trị. Lúc này ông đã có
trong tay quyền lực không bị kiểm soát, tương tự như những gì các chính
thể quân sự ở Argentina đã làm trước và sau nhiệm kỳ tổng thống của ông.
Chẳng hạn, các thẩm phán mới được chỉ định của ông đã khẳng định tính
hợp hiến của bản án dành cho Ricardo Balbín, nhà lãnh đạo đảng đối lập
chính của Perón là Đảng cấp tiến. Balbín bị kết tội vì không tôn trọng
Perón. Với quyền lực không bị hạn chế, Perón lúc này đã có thể cai trị như
một nhà độc tài.
Kể từ khi Perón thành công trong việc thay máu Tòa án Tối cao, việc
này đã trở thành thông lệ ở Argentina. Bất kỳ tổng thống mới đắc cử nào
cũng có thể chỉ định thẩm phán tòa án tối cao trong nhiệm kỳ của mình.
Như vậy, thể chế chính trị có khả năng hạn chế quyền lực của tổng thống đã
biến mất. Chế độ của Perón bị lật đổ bằng một cuộc đảo chính khác vào
năm 1955 và tiếp nối là một chuỗi dài quá trình chuyển giao giữa chế độ
quân sự và dân sự. Các chế độ quân sự và dân sự mới đều chỉ định thẩm
phán của riêng mình. Tuy nhiên việc lựa chọn thẩm phán Tòa án Tối cao ở
