Vào đầu tháng 6 năm 1966, cuộc đấu tranh của Thượng tọa Trí Quang coi
như bế tắc và thất bại, quân đội của chính phủ kiểm soát tình hình Đà Nẵng
và Huế. Hàng ngàn sinh viên, Phật tử, công chức và quân nhân bị bắt.
Thượng tọa Trí Quang bị “mời” vào Sài Gòn. Ông dự định tuyệt thực vô
thời hạn nhưng sau 100 ngày, Đức Tăng Thống ra lệnh phải chấm dứt. Ông
trở về chùa Ấn Quang, từ đó tu ẩn không có một hoạt động chính trị nào.
Cho đến cuối năm 1974, đầu năm 1975, khi miền Nam thực sự đứng trên bờ
vực thẳm, khi Nguyễn Văn Thiệu bất lực để cho Hoa Kỳ giải kết khỏi miền
Nam qua Hiệp định Paris 1973, khi quân đội Việt Nam Cọng Hòa các quân
khu I, II, III đã hoàn toàn bị động bỏ dần đất đai cho Cộng Sản tấn chiếm,
Thượng tọa mới xuất hiện lại để thành lập Lực lượng thứ ba với chủ trương
Hòa hợp Hòa giải Dân tộc.
Trở lại với cuộc đấu tranh đòi hỏi dân chủ của Phật giáo năm 1966, ta thấy
một điều chua xót là quân phiệt đã không bị lật đổ mà còn được củng cố qua
việc tổ chức bầu cử các cơ cấu Lập pháp, Hành pháp, Tư pháp, các Hội
đồng hàng Tỉnh, hàng Xã... Ngày 3 tháng 9 năm 1967, hai tướng Thiệu-Kỳ
đắc cử Tổng thống và Phó Tổng thống.
Điều trớ trêu là trước khi cùng đắc cử, hai tướng Thiệu và Kỳ đã tranh chấp
nhau quyết liệt để giành nhau làm ứng cử viên Tổng thống. Cuộc tranh chấp
tưởng đã gây ra đổ máu nếu không có Hoa Kỳ và tướng lãnh can thiệp dàn
xếp. Điều kiện để cho Nguyễn Cao Kỳ đồng ý thỏa hiệp với Thiệu là một
cộng sự viên của Kỳ phải làm Thủ tướng (ông Nguyễn Văn Lộc) trong lúc
Thiệu nắm trọn quyền lãnh đạo quốc gia và Tổng Tư lệnh Quân Đội. Khốn
nỗi, chức Thủ tướng chỉ là chức vụ bấp bênh vì do Tổng thống chỉ định cho
nên chỉ mấy tháng sau, Thủ tướng Nguyễn Văn Lộc bị giải nhiệm và Kỳ
chẳng còn quyền lực gì nữa ngoài chức Phó Tổng thống “ngồi chơi xơi
nước” cho đến hết nhiệm kỳ rồi bị Thiệu đẩy ra khỏi chính quyền vĩnh viễn.
Ngay từ khi Thủ tướng Lộc mất chức, Kỳ đã biết Thiệu lừa mình nên từ đó
Kỳ đâm ra thù hằn tìm cách chống phá Thiệu. Nhưng ông Thiệu đã có đa số
tướng trẻ và toàn khối Công giáo ủng hộ nên đành hành động chống phá của
ông Kỳ chỉ còn là hành động tuyệt vọng không mang lại kết quả nào cả.