(Hà) Duy Phiên đem việc này hặc tâu ông. Vua cho rằng, (Nguyễn) Tri
Phương là quan nhỏ mà nói năng càn quấy, bèn giao cho bộ Hình nghị tội.
Vua lại hỏi (Nguyễn) Tri Phương ngay trước mặt mọi người rằng: -Ngươi
tự nghĩ xem ngươi đáng tội gì?
(Nguyễn) Tri Phương phục xuống đất kêu khóc, xin chịu tội chết. Triều
đình nghị án dâng lên, khép (Nguyễn Tri) Phương vào tội mắng quan trên
nên cũng buộc ông vào tội chết. Vua cho là (Nguyễn Tri) Phương cũng có
công trong nhiều lần sai phái khó nhọc bèn gia ân, chỉ bắt giáng làm Thư kí
ở Nội Các. Mãi đến mùa đông năm ấy (tức năm 1837 – NKT) mới được
phục chức, cho làm Chủ sự
, sung chức Lang Trung
giữ ấn của Nội Các”.
Năm Tự Đức thứ hai mươi mốt (1868), Nguyễn Tri Phương bị nghiêm
phê lần thứ hai. Lần này, lí do trực tiếp là bởi ông tâu việc trước sau không
ăn khớp với nhau. Sách trên (Nhị tập, quyển 24) chép như sau:
“Bấy giờ, có viên quan ở bộ Công là Viên Ngoại lang Nguyễn Văn Chất,
trước từng giữ việc hiện lí của bộ này, khi được cử ra Dương Xuân, vì quá
nghe lời tên giặc (Đoàn) Trưng nên bị can tội (chỉ việc vua Tự Đức cho
quan đốc thúc binh lính và dân phu xây Vạn Niên Cơ
, khiến xảy ra cuộc
nổi dậy do Đoàn Trưng chỉ huy – NKT). Khi (Nguyễn) Tri Phương mới về
kinh đô nhận việc, ông hết lời chỉ trích (Nguyễn Văn Chất), cho là kẻ xảo
trá, khiến cho (Nguyễn Văn) Chất bị giáng chức. Đến khi (Nguyễn) Tri
Phương về nhận việc ở bộ Công, ông lại cho (Nguyễn) Văn Chất là người
làm được việc, xin đặc cách cân nhắc. Vua quở (Nguyễn Tri Phương) rằng:
-Trước thì ghét bỏ, nay thì thương yêu. Mới chỉ có một người và trong một
thời gian chưa lâu mà lời lẽ tâu bày trước sau đã khác thế cũng đủ biết
ngươi là người thế nào.
Nhưng, (Nguyễn) Tri Phương không nhận ra được rằng, đó chẳng qua là
vua răn bảo, cốt tác thành cho trọn vẹn hơn, nên đã tâu rằng: -Đây hẳn là có
người mật tâu, cốt để hại thần. Thần vốn bất tài ít học, lạm dự chức cao,
thường lo nghĩ việc đền ơn nước. Phàm người thần tiến cử (đều cốt ích lợi
cho triều đình); không hề có ý riêng tư gì. Nhưng vì tính thần vốn cương