Sư Ôn giữa lúc họ Hoàng đang cầm cự với tướng Chiêm là La Khải. Phụng
Thế khai lòng sông cho tuyền tiến lên đánh úp được quân giặc. Bị đánh và
bao vây bất ngờ Sư Ôn, Khả Hành và Nguyễn Mại bị bắt rồi bị giết cả.
Cuộc nổi loạn này cáo chung thì cái oai quyền của nhà chùa đối với dân
chúng và các nhà cầm quyền cũng không còn mảy may nào nữa.
1 – Chế Bồng Nga tử trận
Trên đây đã có nói vụ loạn Phạm Sư Ôn nổ bùng ra đồng thời với việc
quân Chiêm tấn công vào nước ta từ Thanh Hóa trở ra. Giai đoạn đầu quân
Chiêm giữ được ưu thế. Quân của QuýLy đóng ở Cổ Võ đóng cọc ngăn
sông, giữ được 20 ngày. Giặc giả vờ rút quân nhưng bên trong thì cho thi
hành kế phục binh. Quý Ly đem hết quân thủy bộ đuổi theo bị giặc ùa ra
đánh phá, giết được quân ta rất nhiều. Quý Ly chạy về Kinh, tì tướng là
Nguyễn Đa Phương và Phạm Khả Vĩnh ở lại chống nhau với quân Chiêm ở
Ngu Giang nhưng thấy thế giặc mạnh giả tảng dàn thuyền chiến để đánh
nhưng đến đêm rủ nhau rút lui hết.
Qua tháng một, giặc lại uy hiếp ở mạn Hoàng Giang. Đô tướng quân
Trần Khát Chân được cử đi chống nhau với giặc. Vua tôi cùng khóc giữa
lúc quân tiến lên đường. Khát Chân đến Hoàng Giang không tìm được căn
cứ thuận tiện liền xuống đóng ở Hải Triều (thuộc địa phận Hưng Nhân tỉnh
Thái Bình).
Tháng giêng năm Canh Ngọ (1390) Chế Bồng Nga dẫn hơn 100 chiến
thuyền tiến lại gần địa điểm của ta để dò xét trận thế. Một tên đầy tớ của họ
Chế vì bị tội, trốn sang bên ta chỉ rõ thuyền của Chế đang đứng thị sát. Khát
Chân liền tập trung hỏa lực bắn vòa thuyền của Chế Bồng Nga. Chiêm
Vương trúng đạn bị chết, quân ta ùa ra đánh. Quân Chiêm bỏ chạy hết. Đầu
Chế Bồng Nga được cắt đem về dâng vua. Thượng Hoàng tự ví mình như
Hán Cao Tổ thay đầu Hạng Vũ.