Nơi đồn trú đầu tiên của Nguyễn Hoàng là xã Ái Tử (sau gọi là kho cây
khế) thuộc huyện Đăng Xương, tỉnh Quảng Trị ở giáp ranh của hai phủ Tân
Bình và Triệu Phong.
Tại Quảng Nam bấy giờ cũng có một quan Tổng binh là Nguyễn Bá
Quýnh. Vào năm Kỷ Tyh (1569) Hoàng ra chầu vua ở An Tràng, lại sang
thăm Trịnh Kiểm rất là thân thiết. Qua năm sau (1570) Trịnh Kiểm cho triệu
Nguyễn Bá Quýnh về kinh. Quảng Nam từ đó hợp vào Thanh Hóa và đặt
dưới quyền của Hoàng, định lệ mỗi năm Hoàng phải nộp 400 cân bạc và
500 tấn lụa. Chuyện này thành tựu, Hoàng cho người con thứ sáu vào trấn
Quảng Nam và khuếch trương mọi việc.
Các sử sách từ trước đến nay chép về Nguyễn Hoàng đều có sự khen
ngợi ông là người khôn ngoan, có tài tổ chức, biết cách trị dân nên được
dân chúng rất mến yêu. Chẳng bao lâu vùng Thuận Hóa của ông trở nên trù
phú sầm uất. Sauk hi Hoàng vào Thuận Hóa được một năm hai tỉnh Thanh
Nghệ bị lụt to, nhiều dân ở các vùng lụt đã di cư vào Thuận Hóa để nhờ cậy.
Năm Nhâm Thân (1572) Trịnh Kiểm vừa mất, Trịnh Tùng và Trịnh Cối
dành nhau quyền bính như trên đã nói, sau đó Trịnh Cối thua chạy sang
hàng nhà Mạc. Lúc này (1572) Mạc động binh đánh cả Trịnh lẫn Nguyễn
tại Thanh Hóa và Thuận Hóa nhân giữa Nguyễn Hoàng và Trịnh Tùng có
sự xung đột nhưng Mạc không thành công.
Nguyên Trịnh Tùng vừa nắm được địa vj thay cha liền khiến ngay Tham
đốc Mỹ Lương (Mỹ Lương là người huyện Khang Lộc, phủ Quảng Ninh
tỉnh Quảng Bình ngày nay) vào Thuận Hóa thâu thuế nhưng bề trong có lẽ
Mỹ Lương được chỉ thị mật [4] đi đánh Nguyễn Hoàng thì phải hơn. Hai
em là Văn Lan và Nghĩa Sơn được lĩnh chức thủ vệ. Được cơ hội thuận tiện
bọn này chiếm luôn huyện Võ Xương (phủ Triệu Phong tỉnh Quảng Trị bây
giờ) và Minh Linh trong khi Mỹ Lương do đường núi vượt qua địa phận
Bái Trời và Cam Lộ tới Ngọa Kiều cách thành Quảng Trị bốn cây số về
