Năm Quý Tị (1593) vòa tháng năm, Trịnh Tùng đuổi được nhà Mạc ra
khỏi thành Thăng Long nhưng lực lượng của nhà Mạc vẫn còn hoạt động ở
nhiều nơi. Nguyễn Hoàng đem quân đội ra chúc mừng vua Lê thắng trận và
ở lại Bắc Hà luôn 8 năm để giúp vua. Ông lập được nhiều chiến công nhưng
họ Trịnh vẫn không hết e ngại.
Tháng 5 năm Canh Tý (1600) bọn Phan Ngạn, Ngô Đình Hàm, Bùi Văn
Khuê nổi loạn chống họ Trịnh. Nguyễn Hoàng tình nguyện đi chinh phạt,
rồi Hoàng cho đốt doanh trại và đem thắng quân bản bộ do đường thủy qua
cửa Đại An về Thuận Hóa.
Trịnh Tùng cho binh sĩ đuổi theo nhưng không kịp.
Về được đến nhà, sau đó 5 tháng Hoàng đem con gái là nàng Ngọc Tú ra
gả cho Trịnh Tráng là con Trịnh Tùng và đồng thời lấy lời nói khéo dâng
biểu xin lỗi vua Lê Thế Tông cùng họ Trịnh.
Sau khi Hoàng thoát khỏi nanh vuốt của họ Trịnh, Trịnh cho Thiêm Đô
Ngự Sử Lê Nghĩa Trạch mang một bức tâm thư vào cho Hoàng. Chúng tôi
gọi là bức tâm thư vì Trịnh Tùng không lấy danh nghĩa triều đình mà viết
cho Hoàng, trái lại Tùng lấy tình cháu mà gởi thư cho cậu ruột. Bức thư này
viết rất khéo léo, rất chánh trị đã đề cập đến các vấn đề dưới đây:
1) Ca ngợi tài đức của Nguyễn Hoàng, những tài đức này do tổ tiên là
những bậc anh hùng hào kiệt để lại.
2) Nêu cái tình thân mật đặc biệt giữ Hoàng và Tùng nói riêng giữa hai
họ Trịnh – Nguyễn nói chung.
3) Nói đến sự nghiệp phục hưng hoàng triều, diệt Mạc Phù Lê là công
lao của hai họ.
4) Nhắc nhở đến điểm Trịnh vẫn luôn luôn đề bạt Nguyễn vào những
chức vụ quan trọng trong nước; ngay cả khi Trịnh dẹp xong Mạc vô cùng
