Đến tháng 9, Trịnh Căn phái Thắng Nham đi chiếm thành Đồng Hôn ở
vào một vùng ẩm thấp e bị nước lụt nên sau quân Trịnh lại rời tới Thổ Sơn
Hạ. Quân của Hữu Dật nhân một cơn mưa to gió lớn, nước sông dâng lên
cao tấn công quân Trịnh ở đây. Quân Bắc bỏ chạy.
Bấy giờ bảy huyện ở phía Nam sông Lam – Giang (thuộc tỉnh Nghệ An)
là huyện Kỳ Hoa, Thạch Hà, Thiên Lộc, Nghi Xuân, La Sơn, Hương Sơn và
Thanh Chương đều thuộc về quân Nguyễn cả. Đầu năm Mậu Tuất, Trịnh
Tạc gửi thêm tướng sĩ mới cho Trịnh Căn. Trận giặc này kéo dài khiến hai
bên đều hao tổn mạnh. Tháng 5 (năm 1658) vua Lê Thần Tông phải ra sắc
dụ yêu cầu nhân dân giúp gạo. Triều đình tuy theo số gạo mà cấp chức tước.
Chúa Nguyễn cũng bắt dân Nghệ An nhập ngũ và đóng thuế khiến dân
chúng vùng mới chiếm đóng rất là bất mãn. Trong những tháng chót của
năm 1658 đôi bên vẫn tiếp tục đánh nhau, từ tháng 7 đến tháng 8 cùng có
phen được thua nhưng tình thế của Trịnh cũng như Nguyễn vẫn không thay
đổi là bao nhiêu.
Rồi suốt năm 1659 hai quân Trịnh Nguyễn cũng vẫn không có hoạt động
quan trọng. Quân Nam thấy mình không mạnh nên không tiến đánh. Quân
Bắc cũng chủ trương đợi thời.
Tháng 9 năm 1660, Hữu Tiến đem quân vượt sông Tam Chế đánh vào
đồn Do Nha. Binh sĩ xa nhà đã lâu, chán nản nên đào ngũ rất nhiều, Hữu
Tiến phải trở về.
Sau này Trịnh lại chuyển binh qua sông Lam Giang, tiến đánh Lận Sơn,
Tả Ao. Quân Nguyễn rút về Hoa Viên đến đóng ở Nghi Xuân. Lúc này hai
đại tướng của Nam Hà là Hữu Tiến và Hữu Dật bất hòa với nhau nên rút hết
quân lực về Nam Bố Chính. Quân Nam rút đến Hoành Sơn thì quân Trịnh
đuổi kịp, đôi bên cùng thiệt hại rất nhiều. Rút cục Trịnh về đóng ở Kỳ Hoa,
Nguyễn giữ cửa Nhật Lệ. Bảy huyện ở vùng sông Lam lại trở về đất Bắc.
Trịnh Căn cho Đào Quang Nhiêu ở lại làm Trấn Thủ Nghệ An, trông coi