Tháng 3 năm Nhâm Tuất (1802), Nguyễn Vương lên ngôi, đổi niên hiệu
Cảnh Hưng ra Gia Long nguyên niên. Xét ra từ giờ phút ấy Vương khôi
phục xong Phú Xuân, thây lại được vùng Linh Giang vào đến Gia Định, thế
là hoàn thành được sự nghiệp như ông cha thuở trước.
Giờ đây quân Nguyễn chỉ còn việc truy kích vua tôi nhà Tây Sơn. Bọn
Trần Quang Diệu chạy ra Bắc đến châu Qui Hợp, xuống huyện Hương Sơn
thì thấy Nghệ An đã mât cùng Bùi Thị Xuân liền chạy qua huyện Thanh
Chương. Binh sĩ bấy giờ đã thất tán hết. Rồi đến lượt vua Tây Sơn cùng hai
anh em là Quang Thùy, Quang Thiệu, Đô đốc Tú, Nguyễn Văn Tứ trốn tới
huyện Phượng Nhỡn tỉnh Bắc Giang cũng bị bắt nốt. Riêng Quang Thùy, vợ
chồng Đô đốc Tú tự vấn được. Các phạm nhân của Nguyễn Vương đều bị
mang về làm lễ hiến phù ở đền Thái miếu vào tháng 7 năm Nhâm Tuất
(1802) rồi bị lăng trì (tội nhân bị xẻo thit, đây là một hình phạt dã man nhất
của đời phong kiến). Còn vợ chồng Trần Quang Diệu cũng bị xử tử hình: bà
Bùi Thị XUân và con gái hãy còn nhỏ tuổi, bị voi giày, (theo sử Pháp). Diệu
có lẽ bị chém, riêng mẹ già của Diệu đã 80 tuổi được tha, vì Diệu đã không
sát hại quân dân thành Qui Nhơn theo lời yêu cầu của Võ Tánh trước khi tử
tiết năm Tân Dậu (1801). Mả vua Thái Đức và Thái tổ Nguyễn Huệ cũng bị
quật lên, thây bị vứt đi, còn đầu bỏ vào chum giam vào ngục tối. Bọn văn
thần của nhà Tây Sơn như Ngô Thời Nhậm, Phan Huy Ích ra hàng bị nọc
đánh trước nhà Văn Miếu (Bắc Thành) rồi tha về. Riêng Ngô Thời Nhậm bị
Đặng Trần Thường có hiềm riêng cho đánh đến chết…
Nhà Tây Sơn khởi đầu tư năm Mậu Tuất (1778) đến năm Nhâm Tuất
(1802) thì cáo chung, được tất cả 24 năm. Trong 24 năm nhà Tây sơn không
ngơi tay đánh Đông dẹp Bắc nên sự nghiệp về nội trị không được là bao
nhiêu. Nhưng nếu vua Quang Trung không sớm mất thì nhà Tây Sơn không
phải chỉ để một số công vĩ đại trên Lịch sử là đuổi quân xâm lăng nhà
Thanh mà thôi. Ví con người lỗi lạc, thông minh giàu sáng kiến và đảm
lược ấy sống thêm ít năm nữa thì chính tình nước ta và cục diện Đông Nam
Á rất có thể thay đổi lớn. Mông Cổ vào làm vua đất Tàu, người Mãn ngự trị