Miền Nam Việt khác hẳn miền Trung. Đây là vùng đồng bằng, nhiều
sông lớn, sông con chạy ngoằn ngoèo ra biển. Có những chi lưu ăn vào
sông Cửu Long, lại có những sông nhỏ nối vào sông Đồng Nai.
Hạm đội của Pháp bắn tan các hải đồn từ Vũng Tàu đến cửa Cần Giờ
luôn trong hai ngày 10 và 11-2-1859, rồi ngược dòng sông mà tiến vào Sài
Gòn. Các cơ cấu phòng thủ hai bên bờ sông của Việt Nam đều bị phá hủy
tan tành. Ngày 15-2 họ tới Nàh Bè trước phòng tuyến phía Nam Sài Gòn và
ngay chiều hôm đó họ đã hạ được một đồn binh của Việt Nam trong nhiều
đồn binh khác. Ngày 16-2 họ tiến lên Tân Thuận Đông để vào sông Sài
Gòn. Ngày 17-2 thiếu tá Jauréguberry, Dupré-Déroulède, đại úy Lacour trên
pháo thuyền Avalanche đi thị sát ở tại phía Bắc thành Sài Gòn cách đồn
phía Nam 1800 thước (thành này do Olvier dựng lên xưa kia và được xây
lại vào năm 1837, một lũy bao bọc bên ngoài dài tới 1475 thước, trong đó
có rừng và vườn cây xum xê, rậm rạp, nhà cửa san sát từ mé bờ sông cạnh
Gia Định). Liên quân Pháp-Tây đổ bộ đánh mặt Đông Nam thành này.
Ngày 18-2 Pháp giao kích kịch liệt hơn. Quân Pháp vẫn tiến mặc dầu quân
Nam trong thành bắn ra rất dữ dội. Các mặt khác do đại tá Lanzarotte, trung
tá Raybaud chỉ huy cũng gây nên một tình thế khẩn trương cho quân Nam.
Trọn ngày đầu, quân Pháp chưa rõ lực lượng của Việt Nam nên vừa đánh
vừa nghe ngóng. Qua hôm sau, nhờ sự thám xét của Jaureguiberry và sự chỉ
dẫn của giáo sĩ Lefèbvre, quân Pháp đã hiểu rõ tình thế thành Gia Định.
Rạng ngày 19-2 Pháp dốc hết lực lượng thủy bộ vào việc đánh thành.
Tàu Phleégèton, Primauguel, El, Cano khạc đạn ầm ầm, thành Gia Định đổ
dần từng quãng. Quân Phá vượt lũy, ném lựu đạn rồn bắc thang nhảy vào
thành. Tổng Đốc Võ Duy Ninh đích thân chỉ huy trên thành, hò hét ba quân
không ngớt.
Rồi thành bị vỡ, Võ Duy Ninh tử trận. Liên quân Pháp-Tây vào thành
lấy được 200 đại bác, 85000 cân thuốc súng, còn binh khí và thóc gạo nhiều
vô kể, đốt hàng tháng chưa hết.