Trường chiến đấu của ông đã mở rộng sang cả Thủ Thừa, Thuộc Nhiêu,
Bến Lức, Phước Lý, Long Thành, Tân Uyên, liên lạc cả với quân triều,
thanh thế vang dậy khiến Pháp phải treo giải để bắt ông. Từ năm 1862 đến
1868 Pháp ráo riết đánh Gò Công, Tây Ninh, Bà Rịa, ông yếu thế phải lui
về Hòn Chông, Kiên GIang rồi bị bắt. Ông không chịu hàng nên bị tử hình
vào ngày 27-10 năm ấy.
Ông Thủ Khoa Huân lãnh đạo phong trào “Dân chúng tự vệ” ở nhiều
miền Hậu Giang như Mỹ Tho, Rạch Gầm, Cai Lậy. Nhiều kẻ Việt gian đã bị
ông thẳng tay trừng trị trong những công tác phục vụ ngoại nhân ở các lãnh
vực hành chính và quân sự. Tháng 6 -1863 thua trận ở Thuộc Nhiêu (Mỹ
Tho), ông chyaj qua Châu Đốc, đã có khi triều đình bắt giam do chính sách
bất nhất của nhà vua và các đại thần. Ông bị đem nộp cho Pháp. Vào năm
1864 ông phải đày sang đảo Reunion, sau được ân xá. Năm 1875 Pháp hoàn
toàn cuộc xâm chiếm Nam Kỳ, ông lại khởi nghĩa lần nữa. Sau bị bắt và bị
hành hình ở Cai Lậy vào ngày 15-4 năm Ất Hợi (1875). Nhân sĩ Trung-
Nam-Bắc có nhiều thơ chữ Hán ca ngợi chí khí của ông, trong đó có bài
dịch của tác giải khuyết danh như sau:
Ruổi dong vó ngựa báo thù chung
Binh bại cho nên mạng mới cùng
Tiết nghĩa vẫn lưu vùng vũ trụ
Hơn thua xá kể với anh hùng
Nổi xung mất vía quân Hồ Lỗ
Quyết thác không hàng rạng núi sông
Thọ thủy ngày rày pha máu đỏ
Đảo Rồng hiu hắt ngọn thu phong.
