Vài ngày sau đó, mẫu hạm Zuikaku cũng trở về đến căn cứ. Tuy chiếc
Zuikaku không bị tổn thất, nhưng số phi cơ và phi công trực thuộc chiếc
Zuikaku bị loại quá nhiều trong trận đánh Biển San Hô, nên mẫu hạm
Zuikaku cũng không đủ sức mạnh để tham dự cuộc hành quân tại Midway.
Sức mạnh của một hàng không mẫu hạm là số phi cơ và phi công quen
thuộc xử dụng mẫu hạm ấy. Dù người ta tăng cường nhân viên phi hành và
phi cơ mới cho chiếc mẫu hạm Zuikaku thì người ta cũng không đủ thời giờ
huấn luyện thuần thục cho kịp với thời điểm đô đốc Nagumo xuất quân tiến
đánh đảo Midway. Như vậy "chiến thắng" tại Biển San Hô của Nhật đã có
những hậu quả rất tai hại cho chiến dịch Midway, một chiến dịch then chốt
quyết định sự thắng bại của Nhật Bản trong đệ nhị thế chiến. Thiếu hai mẫu
hạm Zuikaku và Shokaku thì lực lượng tấn công của đô đốc Nagumo mất đi
một phần ba của sức mạnh không lực, một tỷ lệ rất cần thiết để chiến thắng.
Tuy nhiên sự thiếu hụt hai mẫu hạm Zuikaku và Shokaku không làm giảm
sự lạc quan của bộ tư lệnh hải quân Nhật. Ðô đốc Nagumo vẫn tin tưởng
rằng hai mẫu hạm Lexington và Yorktown của Mỹ đã bị đánh chìm rồi thì
sự thiếu hai mẫu hạm Zuikaku và Shokaku không quan trọng lắm, và tin
tưởng rằng xét về tương quan lực lượng thì chiến thắng vẫn nghiêng về
phía Nhật Bản. Nagumo vẫn có trong tay bốn mẫu hạm Akagi, Kaga, Soryu
và Hiryu, và hết sức tin tưởng sức mạnh của hải quân Nhật sẽ đè bẹp địch
quân. Ngay cả bộ tham mưu hải quân Nhật trước kia chống lại sự liều lĩnh
tấn công đảo Midway, nay cũng tỏ ra rất lạc quan.
Dĩ nhiên các toan tính này của hải quân Nhật đã tỏ ra sai lầm. Chiếc
Yorktown không bị chìm tại Biển San Hô, và cũng không bị thương nặng
đến nỗi không tham dự trận đánh Midway được. Sau trận đánh Biển San
Hô, chiếc Yorktown đã vội vã chạy về căn cứ Hawaii, tại đây các toán
chuyên viên hải quân Mỹ thay phiên nhau sửa chữa chiếc Yorktown 24 giờ
một ngày. Trong hai ngày, chiếc Yorktown đã sẵn sàng ra khơi, và gia nhập
lực lượng hải quân Mỹ tiến về vùng Midway để ngăn chặn hải quân Nhật.
