tối cao thì đô đốc Yamamoto vô cùng bất mãn trước sự thất bại của Inouye,
không khai thác được lợi điểm trong trận đánh hạ được mẫu hạm địch buổi
sáng hôm đó. Yamamoto gửi ngay cho Inouye, tư lệnh đệ tứ hạm đội, một
điện tín bằng những lời lẽ rất cứng rắn, yêu cầu Inouye phải dùng mọi nỗ
lực để tiêu diệt hoàn toàn hải lực còn lại của địch quân. Phó đô đốc Takagi
cũng được lệnh phải tiến về hướng nam và phải tìm cho ra lực lượng hải
quân của Mỹ để tiêu diệt. Nhưng lực lượng của Takagi cố gắng tìm kiếm
thêm hai ngày nữa, nhưng vô hiệu quả, và đành phải rút lui khỏi vùng Biển
San Hô vào đêm 10-5.
Các tổn thất của Nhật trong trận đánh Biển San Hô gồm có mẫu hạm hạng
nhẹ Shoho, một khu trục hạm Kikuzuki, ba tầu nhỏ, mẫu hạm Shokaku, và
77 phi cơ bị bắn hạ, và khoảng 1,074 binh sĩ tử trận hoặc bị thương. Phần
thiệt hại của hải quân Mỹ gồm có mẫu hạm Lexington, chiếc tầu chở dầu
Neosho, chiếc khu trục hạm Sims, mẫu hạm Yorktown bị hư hại, 66 phi cơ
bị rơi, và 543 binh sĩ tử trận hoặc bị thương. Như vậy trận đánh Biển San
Hô không phải là một chiến thắng của Nhật Bản. Chính phủ Nhật rầm rộ
công bố chiến thắng Biển San Hô để gây phấn khởi cho binh sĩ và quần
chúng. Ðúng ra Nhật Bản tưởng lầm đã đánh chìm được cả mẫu hạm
Yorktown.
Bộ tư lệnh tối cao Nhật Bản đành phải hoãn vô hạn định kế hoạch tiến
chiếm hải cảng Morseby, và ra lệnh cho lực lượng hải quân trong trận đánh
Biển San Hô phải quay về căn cứ, để sửa soạn cho một trận tấn công quan
trọng hơn tại quần đảo Midway sắp tới. Ngày 17-5 chiếc mẫu hạm Shokaku
về tới căn cứ Kure và được coi là một mẫu hạm bị tổn thất nặng nề nhất kể
từ khi chiến tranh bùng nổ. Các chuyên gia về hải chiến kinh ngạc nhận ra
nhược điểm của các mẫu hạm, khi thấy một mẫu hạm lớn như chiếc
Shokaku chỉ bị trúng có ba trái bom mà đã bị loại ra khỏi vòng chiến.
Ngoài ra các tổn thất trên chiếc Shokaku nặng nề đến nỗi phải mất ít nhất
một tháng mới sửa chữa xong. Chính vì thế, mẫu hạm Shokaku không được
tham dự vào trận thủy chiến Midway.
