Tờ sớ tố cáo rất sinh động, khiến ai xem cũng phải tin là thật. Sau khi Ngô Chương Vân trình tờ tố cáo
lên triều đình, Hồ Duy Dung bèn mượn chuyện công để báo thù riêng, xin nhà vua xử phạt nặng nề, và
yêu cầu cho bắt đứa con trai của Lưu Cơ.
Minh Thái Tổ xem qua tờ tấu văn, cảm thấy Lưu Cơ cũng thật quá đáng, nên rất bực tức. Nếu xét xử
theo bình thường, thì chuyện này chắc chắn cả nhà Lưu Cơ sẽ bị bắt và giết cả chín tộc. Nhưng Chu
Nguyên Chương nghĩ tình Lưu Cơ là vị khai quốc công thần, có công lao rất to, không nhân tâm buộc
tội ông, chỉ xử phạt tượng trưng là cắt hết bổng lộc đã ban cho ông, rồi có minh thư chuyển đến để cho
ông biết rõ mọi việc đã xảy ra.
Sau khi Lưu Cơ tiếp nhận văn thư của Thái Tổ, kinh ngạc như sét đánh ngang mày. Ông suy tới nghĩ
lui, đoán biết bên trong việc này có người muốn hãm hại. Vậy phải đi gặp Thái Tổ ngay để nói rõ
nguyên nhân, làm sáng tỏ mọi việc, mới mong tránh khỏi đại họa. Thế là ông thu xếp hành trang tức
khắc lên đường vào Nam Kinh. Sau khi tới Nam Kinh, ông phát hiện tình thế đối với mình hết sức bất
lợi, vì bên trong lẫn bên ngoài triều đình đều là bè đảng của Hồ Duy Dung cả, chẳng ai hằng lòng nói
tốt cho ông đâu. Do vậy, ông bèn xóa bỏ ý định thanh minh với Thái Tổ, để tránh gặp cảnh bị mọi
người tố cáo, làm cho Thái Tổ càng không vui. Thế là ông thay đổi ý định ban đầu, vào ra mắt Thái Tổ
để lên tiếng tự trách, và xin nhà vua trị tội. Chu Nguyên Chương thấy thái độ của ông hết sức thành
thật, nên không truy cứu, và câu chuyện trên xem như đã giải quyết xong.
Sau khi gặp phải sự kiện trên, Lưu Cơ biết cuộc sống quy ẩn theo kiểu Đào Uyên Minh là không thể
thực hiện được. Và để tránh có thể tiếp tục bị vu cáo nữa, ông dứt khoát dọn đến Nam Kinh ở, và
không bao giờ dám ra khỏi nhà. Chẳng mấy hôm, Lưu Cơ bị ngã bệnh. Ít lâu sau, Thái Tổ lại thăng Hồ
Duy Dung làm Thừa tướng. Lưu Cơ đang bệnh nghe được tin này, cảm thấy đau đớn, nói :
- Hồ Duy Dưng lên làm Thừa tướng, chắc chắn sẽ sinh đại họa, quốc gia sẽ gặp đại loạn, sinh linh lại
phải chịu tai ương. Nếu lời nói của tôi không ứng nghiệm, thì đó chính là đại hồng phúc của bá tánh
nhân dân. Trái lại, nếu lời nói cửa tôi ứng nghiệm, thì cuộc sống của đông đảo chúng sinh biết làm sao
đây ?
Nào ngờ lời nói trên thấu tai Hồ Duy Dung, khiến ông ta càng căm thù Lưu Cơ hơn nữa, quyết tâm tìm
cơ hội để trả thù Lưu Cơ, dồn ông vào chỗ chết mới nghe. Trong khi đó, Lưu Cơ do quá phẫn uất, nên
bệnh tình ngày một nặng, nằm liệt giường không còn dậy nổi. Tháng ba năm thứ tám niên hiệu Hồng
Võ, Minh Thái Tổ thấy bệnh tình của Lưu Cơ càng ngày càng nặng, hơi thở chỉ còn thoi thóp, nên
không khỏi động lòng trắc ẩn, đích thân viết biểu văn gởi đến Lưu Cơ, và đặt phái sứ giả hộ tống ông
trở về quê nhà.
Sau khi trở về quê, bệnh tình của Lưu Cơ không thuyên giảm mà ngày một nặng thêm. Một tháng sau,
ông rời khỏi nhân gian, mang theo nỗi u uất trong lòng. Ông chết năm sáu mươi lăm tuổi. Cuộc đời của
Lưu Cơ, một bậc mưu lược đại sư có tầm nhìn sâu rộng, đã yên nghỉ vĩnh viễn trên ngọn núi quê
hương đầy thê lương như thế.
Cái chết của Lưu Cơ trước tiên có liên quan trực tiếp đến việc gièm pha của Hồ Duy Dung. Sử liệu
ghi chép, lúc Lưu Cơ bị bệnh nặng, Hồ Duy Dung giả vờ quan tâm chăm sóc, phái thầy thuốc đến chữa
