Nguyễn đã phải sống thoả hợp với đám thổ hào địa phương đó như dấu vết
về sau nơi chuyện ông Khám lí Trần Đức Hoà ở phủ Hoài Nhơn (cũng là
một thổ hào khác đã vào quan trường) giao thiệp với nhà hào phú nuôi (và
đề cử) anh xướng ca lưu lạc Đào Duy Từ làm công thần nhà Nguyễn.
Nguyễn Hoàng, lúc nhận đất Quảng Nam (1570) cũng vẫn là khuôn mặt lạ
với đám cường hào đó nên gây xung đột ngay sau khi được trao quyền, bị
tấn công ngay chính nơi trú đóng, phải phái tướng đi bình trị bên kia đèo
Hải Vân (1571) và còn chịu đựng sự nội ứng của nhóm địa phương với
quân Mạc đến tấn công nữa. Thêm một thời gian dẫn quân ra Bắc để có
điều kiện so sánh với các thế lực đang tranh giành, Nguyễn Hoàng nhận ra
thực lực của mình mà quay về đất cũ, truyền lại cho con ý thức li khai như
ta đã thấy. Cứ thế mà, khởi đầu là Nguyễn Phúc Nguyên, họ Nguyễn tràn
lấn chiếm đoạt để giữ mình, để phát triển mãi đến khi hết sinh lực.
Tình hình tổ chức cai trị tiến triển theo với nhu cầu tồn tại và đà mở
rộng đất đai. Với chúa Sãi Phúc Nguyên là bắt đầu (1614) sắp xếp một cơ
cấu hành chính trung ương theo mẫu hình quản trị cũng từng thấy có ở
vùng Trịnh Tây Việt nhỏ hẹp (1564). Đó là việc đặt ra Tam ti (Xá sai,
Tướng thần lại, Lệnh sử) mà những công việc văn án, xử kiện, lễ tiết đều
mang dáng lu mờ trước việc thu thuế, cung cấp lương hướng cho quân binh
khiến vai trò các nhân viên tướng thần nổi bật khi ta thấy họ có mặt đến tận
cấp bực đơn vị làng xã, thuộc, nậu… Khía cạnh thu tóm tiền tài vật lực là
quan trọng khiến ta lại thấy đặt thêm các ti Nội lệnh sử và Lệnh sử đồ gia
riêng cho nhà chúa – Nội phủ.
Các đơn vị phụ thuộc dưới Dinh vẫn là phủ, huyện như cơ cấu của
Lê nhưng thành phần cơ sở lại phức tạp hơn nhiều, không những mang tính
cách riêng biệt hay pha trộn chủng tộc mà còn mang tính chuyên nghiệp
khác nhau nữa. Có vẻ Xã có sự thuần nhất một chừng mực về người Việt
(di dân hay đồng hoá) nhưng các Thuộc được nói đến nhiều, có nguồn gốc
là tập họp các thôn, man, nậu lẻ tẻ họp lại, nghĩa là thành phần dân chúng ở
đấy, “các nơi gần núi rừng, dọc sông biển” không hẳn là Việt dù có thể nói
được tiếng Việt. Không phải chỉ là những người bây giờ ta gọi là “Thượng”
