Ngày 5/11/1873, Garnier đến Hà Nội. Hắn được bọn đánh thuê
của Dupuis tiếp đón hết sức long trọng; Việt Nam thì lạnh nhạt hơn
nhiều. Thống chế Nguyễn Tri Phương vẫn có mặt tại đó, người anh
hùng kiên cường trận tuyến Chí Hòa năm 1861, đã có dịp đương
đầu với chính Garnier. Ngoài ra, còn có các con trai của Phan Thanh
Giản. Chẳng ai trong số họ có một lý do gì để tin tưởng một cách quá
đáng vào những người Pháp cả. Garnier được ủy nhiệm đến gặp họ,
theo lời họ yêu cầu đến bất cứ vấn đề gì khác. Hơn nữa, để tránh
khỏi sự hiểu lầm của công chúng, đối với vấn đề Garnier ở Hà
Nội, ông cho dán nhiều biểu ngữ, nhằm công khai hóa mục đích
chính thức của Garnier.
Kế hoạch Dupré nhằm lợi dụng sự việc Dupuis để đe dọa và đạt
thắng lợi mới cho Pháp, đã không thành công bởi Garnier đang phải
đối đầu với những thủ lĩnh Việt Nam giàu lòng dũng cảm và nghị
lực. Garnier bèn quyết định tự quyền hành động như chủ tại Hà
Nội. Tuyệt đối không còn vấn đề Dupuis nữa.Trái lại, Dupuis và
hắn liên kết với nhau hành động. Và bất chấp nhà đương cục Việt
Nam, Garnier cho thi hành ngay những việc kinh tế và chính trị mà
thực ra, hắn đến Hà Nội chính vì những việc đó với sự thỏa thuận
của Dupré.
Garnier mưu tính với Dupuis bắt cóc Nguyễn Tri Phương và gửi
về giam tại Sài Gòn. Y nhận vào đội ngũ của mình những người tình
nguyện Công giáo, theo Tạ Văn Phụng, bọn này sẽ hoạt động như “đạo
quân thứ năm” trong các trận đánh vào thành Hà Nội. Được Giám
mục Puginier, Khâm mạng Tòa thánh ở Bắc kỳ, tích cực giúp đỡ,
Garnier luôn luôn liên hệ mật thiết với Puginier, dùng Puginier làm
phiên dịch và làm liên lạc viên với nhà chức trách Việt Nam. Ngày
15/10/1873, hắn tự ý quyết định mở sông Hồng cho việc buôn
bán, quyết định các hạng mục thuế quan theo ý riêng của hắn và
thông báo cho Hồng Kông.
