Được biết người ta chọn Patenôtre và có quyết định điều đình
với Huế để ký một hiệp ước mới, ngày 25/4/1884 Blancsubé gửi thư
phản đối lên Jules Ferry. Vị đại biểu Nam kỳ muốn gạt Patenôtre đi
và dùng Thomson, người đỡ đầu của ông ta, chỉ đạo một cuộc đàm
phán. Nhưng kiến nghị phản đối của ông ta bị bác bỏ bởi một sứ
mệnh như vậy giao cho một nhà ngoại giao chuyên nghiệp (Patenôtre
là đặc sứ đặc mệnh toàn quyền), vừa đại diện nhà nước cùng chánh
phủ Pháp hơn là giao cho một nhà “ngoại giao nhất thời”, ông
thống đốc Nam kỳ, chỉ đại diện cho Bộ trưởng Hải quân và Thuộc
địa.
Patenôtre cuối cùng cũng đã đến Huế và với một đoàn tùy tùng
quân sự. Ông để lại ở cửa sông Hương một lực lượng quan trọng và
đầu tháng Sáu bắt đầu tiếp xúc với Nguyễn Văn Tường, trao cho
Tường xem văn bản hiệp ước mới đã được chánh phủ Pháp thông qua.
Đoàn tùy tùng, những lực lượng quan trọng đi bên cạnh, những
thắng lợi mới về ngoại giao và quân sự, cuối cùng đã dẫn các vị đại
thần phụ chính nhận nền bảo hộ. Hiệp ước Patenôtre được ký ngày
06/6/1884.
Hiệp ước quy định rằng nước Việt Nam đặt dưới sự bảo hộ của
nước Pháp và mất quyền độc lập dân tộc. Một vị công sứ toàn
quyền Pháp đóng trong kinh thành Huế cùng với một đoàn tùy
tùng quân sự, sẽ chủ tọa mọi quan hệ ngoại giao – là dấu hiệu cụ thể
nhất về nền độc lập của một nước. Còn việc nội trị, tuy có các quan
Nam đảm nhiệm, nhưng phải chịu sự kiểm soát, sự nhắc nhở, sự
kiểm duyệt, của các nhà chức trách Pháp; chính những nhà chức trách
này, thông qua đại diện của họ ở Huế, cai trị cả đất nước thay cho
nhà vua. Ở miền Bắc, ở mỗi tỉnh lỵ đều có một công sứ song song
cai trị với các quan Nam. Người ta điều chỉnh lại biên giới, trả ba
tỉnh Thanh Hóa, Nghệ An và Hà Tĩnh, ở phía Bắc và Bình Thuận ở
