Cuộc kháng chiến chống lại nền đô hộ của Pháp là điều lo ngại
lớn nhất của chính quyền bảo hộ, mặc dầu đội quân chiếm đóng
đã có nhiều cố gắng trong việc bình định. Ngày 5/2/1889 trong
một báo cáo gửi Toàn quyền Richaud, Thống sứ Bắc kỳ có viết:
“…Nước đi chinh phục càng khác nhau về phong tục tập quán
với nước bị chinh phục thì nó càng khó lòng mà áp đặt được
nền thống trị của nó. Ở đây, không còn nghi ngờ gì nữa
rằng,từ lúc chúng ta đến đất nước này, trật tự xã hội đã bị
đảo lộn. Chúng ta chỉ có thể và chúng ta đã thực sự là một điều
phiền phức trở ngại cho bất cứ cái gì có một chức vụ, một ảnh
hưởng, một quyền hành, nói tóm lại là cho tất cả mọi tầng
lớp lãnh đạo; ở đây các tầng lớp lãnh đạo, được lựa chọn trên
cơ sở trí tuệ và học vấn, mạnh hơn ở nhiều nước châu Âu mà
tầng lớp lãnh đạo thường thường là căn cứ trên sự thế truyền
và tài sản…
Ngay sau khi Đồng Khánh được biết chánh phủ Pháp quyết
định đưa Hàm Nghi sang giam giữ tại Algérie thì ông ta có lời tuyên
cáo sau đây với nhân dân:
“…Từ trên ngai vàng, biết được tin vui mừng ấy [tin Hàm
Nghi bị bắt], Trẫm đã run lên vì vui sướng. Lập tức Trẫm đã
chỉ thị cho các quan lại Quảng Bình phải tìm đến với Ngự đệ
với tất cả những nghi thức cần thiết.
Khi Ngự đệ vừa đến đất Thừa Thiên, Trẫm đã phái đi đón
Ngự đệ các quan đại thần của triều đình, văn và võ, có một
đội quân đông đi theo. Đồng thời, Trẫm cho sửa soạn một
buồng riêng, dành cho bậc vua chúa, ngay trong cung điện
của Trẫm để đón tiếp Ngự đệ trở về. Cả nước có thể nhìn thấy
