Tự Đức muốn đàm phán trên thế mạnh để khỏi bị kẻ thù áp đặt,
như thực tế bao lần chứng minh. Ý định ấy đáng ca ngợi và làm
vinh dự cho nhà vua; nhưng không may cơ cấu chế độ quân chủ
chuyên chế đang đè nặng lên đất nước Việt Nam lúc này không
thuận lợi chút nào cho trách nhiệm của nhà vua. Vua Tự Đức luôn
luôn nghi ngờ lòng thành thật của người Pháp nên không tỏ ra có thái
độ hòa giải. Trước cuộc nổi loạn của Tạ Văn Phụng ở Bắc kỳ, được các
giáo sĩ Tây Ban Nha ủng hộ, vua càng trở nên cứng cỏi trong thái độ
của mình, xuống chỉ cho các quan hàng tỉnh phải kiểm soát chặt chẽ
những người theo đạo Kitô: đàn ông, đàn bà, ông già, tất cả phải
khắc lên da thịt của mình những dấu hiệu riêng cho phép người
ngoài phân biệt người Kitô giáo với tất cả những người dân khác.
Những làng không theo Công giáo phải được giám sát chặt chẽ để
tránh sự “lây lan” do những cuộc tiếp xúc xảo trá. Các giáo sĩ, cũng
như linh mục phải bị truy nã quyết liệt, bị bắt giam và quản chế
nghiêm ngặt.
Nguyễn Bá Nghi xin được từ chức nhưng không được chấp thuận.
Ông bèn cùng với Trần Đình Túc làm một tờ trình lên cho nhà vua
về tình thế khốn đốn của Nam kỳ; không mặt nào tiến triển
được chút nào cả, hành quân không, đàm phán hòa bình không. Hai
người đề nghị rút các doanh trại quân đội Việt Nam và cầu viện
nước ngoài. Nhà vua trả lời bằng câu khiển trách đối với cả hai viên
quan ấy, bởi họ muốn có hòa bình mà không kháng chiến và họ
tìm mọi cách để tránh trách nhiệm.
Rồi một vài thắng lợi nhỏ tại địa phương nào đấy lại làm thay
đổi tư tưởng nhà vua; Nguyễn Bá Nghi được khen ngợi có ghi tên ở
bảng vàng danh dự của các chiến công, sau đó lại được phục chức.
Tự Đức gửi mật chỉ cho ông ta quy định rõ: đề nghị giảng hòa chỉ
là một cái cớ nhầm đánh lừa cảnh giác của quân Pháp thôi; chiến
tranh vẫn là mục đích chính của mọi hoạt động của Việt Nam tại Nam
