Vương Nguyễn Phúc Thuần (Duệ Tông) chạy xuống Long Hưng (gần Rạch
Gầm, Mỹ Tho) rồi chạy vào Cần Thơ, trong khi Tân chánh vương Nguyễn
Phúc Dương ẩn náu nơi Ba Vát (Bến Tre). Bấy giờ vào khoảng tháng tư tại
Cần Thơ, cha con Mạc Thiên Tứ đã chuẩn bị sẵn sàng lâm chiến để cứu
nguy cho chúa Nguyễn khi Tây Sơn đuổi đến. Dân chúng Cần Thơ sống
trong cảnh phập phồng tranh chiến.
Rồi thì khói lửa lan tràn, từ Sài Gòn Nguyễn Huệ tiến đánh Bến Tre,
bắt sống Đông cung Dương (tức Tân chánh Vương), tại Ba Vát. Hay tin
chẳng lành, tháng 8 chúa Định Vương lìa Cần Thơ chạy xuống Cà Mau với
cháu là Nguyễn Ánh.
Binh Tây Sơn tràn xuống Cần Thơ. Ngút trời khói lửa. Dân chúng hãi
hùng chứng kiến cảnh máu rơi, cửa nhà tan nát. Tham tướng Mạc Tử Sanh
anh dũng chiến đấu nhưng không chống nổi sức hùng liệt của đoàn hổ báo
Tây Sơn, đành bỏ mình tại vùng Tham tướng. Bấy giờ Cần Thơ thất thủ,
khắp nơi tràn đầy quân sĩ Tây Sơn chiếm đóng, sát khí đằng đằng.
Tạm chiêu an dân chúng Cần Thơ xong, quân đội Tây Sơn kéo rốc tới
đánh Bạc Liêu, Cà Mau (lúc nầy còn mang tên cũ là huyện Trấn Di, (Long
Xuyên), cũng như Cần Thơ là huyện Trấn Giang. Thế mạnh như chẻ tre,
Tây Sơn đánh đâu thắng đó, bắt sống chúa Định Vương tại Cà Mau trong
khoảng tháng 9, giải về Gia Định hành quyết.
Nguyễn Ánh lên thay điều khiển binh quyền. Trong tình thế nguy cấp,
nhờ ngự chiếc thuyền nhỏ nhẹ mang hiệu « Thủ quyển » vượt nước rẽ sóng
mau lẹ, Nguyễn Ánh do ngã sông Ông Đốc thoát ra hòn Thổ Châu. Rồi từ
ấy ngậm đắng nuốt cay, nuôi chí phục hận, dần dần đánh chiếm lại được
thành Gia Định.
Đến năm Giáp Thìn (1784), tháng 6 chúa Nguyễn Ánh từ Xiêm trở về,
có hai viên đại tướng Xiêm là Chiêu Tăng và Chiêu Sương đem 300 chiến
thuyền và 20.000 quân theo giúp. Lần lượt, chúa Nguyễn lấy lại Rạch Giá,
