Đây là một giải pháp dường như rất thực tế và hợp lý đối với Marker,
nhưng các công ty dược phẩm lớn mà ông muốn thu hút sự quan tâm lại
không nghĩ như vậy. Truyền thống và quyền lực lại một lần nữa ngăn cản
con đường của Marker. Mexico không có tiền lệ thực hiện các phản ứng
tổng hợp hữu cơ phức tạp, lãnh đạo của các công ty dược phẩm đã nói với
Marker như vậy. Không tìm được nguồn hỗ trợ tài chính từ các công ty đã
có thương hiệu, Marker quyết tâm tham gia vào ngành công nghiệp sản
xuất hormone chỉ bằng nguồn lực của chính bản thân mình. Ông nghỉ việc
tại Đại học bang Pennsylvania và chuyển đến Mexico City, tại đây, ông
cùng một vài người khác thành lập Syntex (từ ghép của Synthesis (tổng
hợp) và Mexico) vào năm 1944, một công ty dược phẩm đã trở thành công
ty dẫn đầu về các sản phẩm chứa steroid.
Thế nhưng mối quan hệ của Marker với Syntex đã sớm chấm dứt. Những
cuộc tranh cãi về lương bổng, lợi nhuận và sở hữu bằng sáng chế đã khiến
ông rời bỏ công ty này. Ông thành lập một công ty khác, Botanica-Mex, sau
này được các công ty thuốc ở châu Âu mua lại.
