Một thủy thủ đoàn mạnh khỏe và làm việc tốt là yếu tố vô cùng quan
trọng giúp Cook hoàn thành nhiệm vụ trong những chuyến hải trình của
ông. Hội Hoàng gia đã công nhận và đánh giá cao điều này khi họ trao tặng
cho Cook huân chương cao quý nhất, huân chương vàng Copley, không vì
những thành tựu hải thám của ông, mà vì ông đã chứng minh rằng bệnh
scurvy không phải là điều không thể tránh được trong những chuyến hải
trình dài. Phương pháp của Cook rất đơn giản. Ông ra lệnh phải giữ vệ sinh
sạch sẽ trên cả con tàu, đặc biệt là tại khu vực cabin khá chật chội của thủy
thủ. Tất cả mọi người được yêu cầu phải giặt quần áo thường xuyên, thông
gió và phơi chăn nệm của mình khi điều kiện thời tiết cho phép, tẩy uế các
khoang tàu và thường xuyên tuân theo tiêu chí trật tự gọn gàng. Khi không
thể có được trái cây và rau quả tươi mà Cook cho rằng cần thiết để cân
bằng chế độ ăn uống, ông đã yêu cầu thủy thủ đoàn phải ăn món dưa bắp
cải được dự trữ nhiều lúc khởi hành. Ông cũng cho tàu cập bờ bất cứ lúc
nào có thể để bổ sung thức ăn tươi và tích trữ các loại rau cỏ địa phương
(cần tây, cỏ scurvy) hoặc những loại thực vật hữu ích khác dùng để pha trà.
Chế độ ăn uống này hoàn toàn không phổ biến trong giới thủy thủ, thói
quen ăn uống của họ vẫn là khẩu phần đi biển tiêu chuẩn, và họ không
muốn thử những món mới. Nhưng Cook rất kiên quyết trong việc này. Ông
và các sĩ quan của mình cũng theo đúng chế độ ăn uống này, và nhờ vào sự
làm gương, uy quyền và sự quyết đoán của ông mà mọi người đã tuân thủ
chế độ dinh dưỡng đó. Không có báo cáo nào ghi lại việc Cook trừng phạt
những thủy thủ không chịu ăn dưa bắp cải hoặc cần tây, nhưng thủy thủ
đoàn hiểu rằng thuyền trưởng của họ sẽ không ngần ngại sử dụng hình phạt
với những ai không tuân theo mệnh lệnh. Cook cũng sử dụng những cách
khích lệ tinh tế hơn. Ông ghi lại rằng món “cải chua” làm từ thực vật bản
địa ban đầu chỉ dành riêng cho các sĩ quan; chỉ sau một tuần, các binh sĩ và
thủy thủ cấp dưới đã phản đối, họ cũng muốn ăn món này.
Sự thành công của chuyến đi đã thuyết phục thủy thủ đoàn của Cook
rằng nỗi ám ảnh của thuyền trưởng của họ trong việc duy trì chế độ dinh
dưỡng kỳ lạ trên tàu rất đúng đắn. Cook không mất một thủy thủ nào vì
